肝功能异常通常由多种因素引起，包括病毒感染（如乙肝、丙肝）、药物/毒物损伤、酒精滥用、自身免疫性疾病、代谢性疾病（如脂肪肝）及胆道系统疾病等。
病毒性肝炎：乙肝病毒（HBV）、丙肝病毒（HCV）等通过血液、母婴或性传播，长期感染可引发慢性肝炎，导致肝细胞持续受损。
药物与毒物：某些处方药（如抗生素、抗结核药）、非处方药及化学毒物（如酒精、重金属）可能直接损伤肝细胞，尤其长期或过量使用时风险更高。
酒精性肝损伤：长期大量饮酒会导致酒精性脂肪肝、肝炎甚至肝硬化，酒精代谢产物乙醛是主要致病因素。
自身免疫性肝病：如自身免疫性肝炎、原发性胆汁性胆管炎等，机体免疫系统错误攻击肝细胞或胆管，多见于女性，病程隐匿且进展缓慢。
代谢性疾病：非酒精性脂肪肝（NAFLD）与肥胖、糖尿病密切相关，脂肪在肝脏堆积影响肝功能；此外，血色病、肝豆状核变性等也会导致代谢紊乱性肝损伤。
特殊人群注意：孕妇因激素变化和代谢负担增加，需警惕妊娠急性脂肪肝；老年人代谢能力下降，药物性肝损伤风险更高；儿童需避免接触肝毒性物质，如霉变食物中的黄曲霉毒素。
