原发性脑干损伤后遗症包括意识障碍（持续植物状态、昏睡等）、运动功能障碍（肢体瘫痪、肌张力异常）、言语吞咽障碍（构音困难、呛咳误吸）、认知精神障碍（记忆力减退、情绪异常）及癫痫发作。
意识障碍方面，伤后数小时至数周内可能持续昏迷，部分患者恢复过程漫长，需长期康复训练。运动功能障碍表现为肢体肌力下降、腱反射亢进或减弱，严重者需辅助器具或轮椅依赖。言语吞咽障碍需通过语言训练和营养支持改善，部分患者需鼻饲维持营养。认知精神障碍影响生活自理能力，需针对性心理干预。癫痫发作多在伤后数月内出现，需规范抗癫痫治疗。
特殊人群中，儿童恢复潜力较大但需更细致康复计划，老年人基础疾病多可能延缓恢复。女性患者在情绪管理和社交支持方面需更多关注。康复期间应避免过度劳累，保持规律作息，家属需协助患者进行功能锻炼，定期复查评估恢复情况。
