月经第三天检查的项目主要包括性激素六项，但也可根据具体需求增加其他检查。
性激素六项：包括促卵泡生成素、促黄体生成素、雌二醇、孕酮、睾酮、泌乳素，用于评估卵巢功能、判断内分泌紊乱类型，如多囊卵巢综合征、卵巢早衰等。
基础检查项目：血常规、肝肾功能等，用于全面评估身体状况，尤其适用于有基础疾病或备孕人群。
特殊情况检查：甲状腺功能（TSH、FT3、FT4），可排查甲状腺功能异常对月经的影响；盆腔超声，观察子宫和卵巢结构，排查器质性病变。
特殊人群注意事项：青春期女性首次月经异常建议推迟检查，避免因检查干扰自然周期；围绝经期女性可增加AMH（抗苗勒氏管激素）评估卵巢储备功能；长期月经不调者建议同时检查甲状腺、肾上腺激素。
