灰指甲的治疗周期因个体差异和治疗方式不同而有较大差异，通常需要3~18个月。轻度感染（仅1~2个指甲受累）采用外用药物联合局部封包治疗，可能3~6个月见效；中重度感染（多个指甲受累）或甲床受累者，口服抗真菌药需连续服用6~12个月，指甲完全更新周期约为6~12个月，趾甲则更长。
若采用外用药物治疗，需先通过专业医疗机构评估感染程度，选择渗透性强的抗真菌制剂，每日涂抹1~2次，坚持使用直至新甲完全长出且无感染迹象，总疗程约6~12个月。由于外用药物起效较慢，适用于不愿口服药物或轻度感染的患者。
口服抗真菌药物需在医生指导下进行，通过抑制真菌细胞膜合成发挥作用，对皮肤癣菌所致甲癣效果显著。服药期间需定期检查肝功能，孕妇、哺乳期女性及肝肾功能不全者禁用。疗程通常为6~12个月，服药后新甲逐渐替代病甲，停药后仍需观察3~6个月以防复发。
激光治疗适用于合并细菌感染或对药物不耐受的患者，通过特定波长激光破坏真菌结构，单次治疗约30分钟，需3~6次疗程，每次间隔2~4周，治疗后需配合外用药物巩固。
儿童患者建议优先采用非药物干预，如温水浸泡、局部修剪等温和方式，避免口服抗真菌药影响生长发育。老年患者因代谢减慢，建议缩短治疗周期，优先选择外用药物联合局部护理，减少药物副作用风险。糖尿病患者需严格控制血糖，避免因循环障碍影响甲床修复，治疗期间需加强足部保湿和伤口护理。
