霉菌感染根治需结合感染类型与个体情况，通常需规范抗真菌治疗（疗程1-6个月不等），同时通过环境控制与免疫调节降低复发风险。
皮肤黏膜感染：以局部抗真菌药膏（如克霉唑乳膏）为主，疗程2-4周。需保持患处干燥，避免潮湿环境。糖尿病患者需严格控制血糖，免疫功能低下者需排查基础疾病。
呼吸道感染：确诊后需口服或静脉抗真菌药物（如伊曲康唑），疗程根据病情1-6个月。需避免接触粉尘、霉菌孢子，戒烟并改善室内通风。老年人与长期卧床者需加强翻身拍背，预防肺部感染加重。
系统感染：需住院治疗，采用静脉抗真菌药物（如伏立康唑），疗程长且需监测肝肾功能。HIV感染者需同时抗病毒治疗，孕妇需在医生指导下选择安全药物。
预防复发：定期复查真菌指标，避免滥用广谱抗生素，保持个人卫生与饮食均衡。长期使用免疫抑制剂者需预防性用药，儿童需避免接触发霉玩具与衣物。
