左旋肉碱在合理使用时副作用较少，但长期或过量使用可能引发消化系统不适、神经系统异常及代谢紊乱等问题。
消化系统不适：常见恶心、呕吐、腹泻等症状，尤其在高剂量（如每日超过3克）时发生率增加。这是因为左旋肉碱可能影响肠道菌群平衡，刺激胃肠道蠕动。
神经系统异常：部分人可能出现头痛、头晕、失眠或焦虑，尤其对咖啡因敏感者或有焦虑病史者需注意。研究表明，大剂量补充可能干扰神经递质代谢。
特殊人群风险：孕妇、哺乳期女性及儿童应避免自行使用，缺乏相关安全性数据；肾功能不全患者需谨慎，可能影响肾脏排泄功能，导致体内蓄积。
长期使用隐患：长期超量使用可能干扰甲状腺激素代谢，导致甲状腺功能异常；还可能增加钙流失风险，对骨质疏松患者不利。
安全建议：健康人群建议通过肉类、鱼类等天然食物获取，如需补充，优先选择正规渠道产品，严格遵循推荐剂量，出现不适立即停用并咨询医生。
