柠檬水发苦可能由多方面因素导致，一是柠檬本身的品种差异、未成熟等原因；二是制作过程中柠檬皮过度使用、冲泡时间过长等；三是储存不当致柠檬变质；四是个人感官差异，不同人对苦味敏感度不同。
一、柠檬本身的原因
（一）品种差异
不同品种的柠檬其苦味物质含量有差异，有些品种本身可能相对更苦。例如某些野生品种或者特定地域种植的柠檬，由于基因等因素，其含有的苦味成分相对较多，在食用时就会感觉柠檬水发苦。
（二）未成熟柠檬
未成熟的柠檬中含有较多的苦味成分，如柚皮苷等。当用未成熟的柠檬制作柠檬水时，就容易出现发苦的情况。因为未成熟的柠檬还没有完成正常的生理成熟过程，苦味物质还没有分解或转化到较低水平。
二、制作过程中的因素
（一）柠檬皮的过度使用
柠檬皮中含有较多的苦味物质，如柠檬苦素等。在制作柠檬水时，如果过多地使用了柠檬皮，尤其是将柠檬皮的白色部分（富含苦味物质的部分）一起榨取或浸泡，就会导致柠檬水发苦。因为柠檬皮的白色内膜部分所含的柠檬苦素等苦味成分含量较高。
（二）冲泡时间过长
如果柠檬水冲泡后放置时间过长，柠檬中的一些成分会发生变化，苦味物质可能会进一步释放或转化，从而使原本不苦或者苦味较轻的柠檬水变得发苦。例如放置数小时后，柠檬中的某些化学物质发生氧化等反应，导致苦味增加。
三、储存相关因素
（一）柠檬储存不当导致变质
如果柠檬储存环境不佳，比如温度过高、潮湿等，柠檬可能会发生变质。变质的柠檬会产生苦味物质，用这样的柠檬制作柠檬水就会发苦。例如柠檬在储存过程中发霉，其内部会产生一些具有苦味的代谢产物。
四、个人感官差异
不同人对苦味的敏感度不同。有些人本身对苦味比较敏感，即使柠檬水的苦味并不重，也会感觉发苦。比如一些味觉较为敏锐的人群，在饮用柠檬水时，就可能更容易察觉到苦味的存在。
