加味逍遥丸与柴胡舒肝丸在药物组成、功能主治、适用人群及药理作用方面存在差异。加味逍遥丸由柴胡等多味药组成，具舒肝清热、健脾养血功效，适用于肝郁血虚脾弱人群，通过调节神经内分泌系统等发挥作用；柴胡舒肝丸主要成分有茯苓等，能舒肝理气、消胀止痛，针对肝气郁滞人群，通过调节胃肠道运动等发挥作用，孕妇分别有慎用和禁用情况。
柴胡舒肝丸：主要成分有茯苓、枳壳（炒）、豆蔻、白芍（酒炒）、甘草、香附（醋制）、陈皮、桔梗、厚朴（姜制）、山楂（炒）、防风、六神曲（炒）、柴胡、黄芩、薄荷、紫苏梗等。
功能主治方面
加味逍遥丸：具有舒肝清热、健脾养血的功效。常用于肝郁血虚，肝脾不和，两胁胀痛，头晕目眩，倦怠食少，月经不调，脐腹胀痛等。从现代医学角度看，对于一些因肝郁血虚脾弱导致的亚健康状态人群可能适用，比如长期精神压力大，出现情绪抑郁、烦躁，伴有月经不调等情况的女性，有相关临床研究表明其对改善肝郁血虚相关症状有一定作用。
柴胡舒肝丸：功能为舒肝理气，消胀止痛。主治肝气不舒，胸胁痞闷，食滞不清，呕吐酸水等。适用于因肝气郁滞引起的胁肋部胀满疼痛、胃脘部不适、嗳气反酸等症状的人群，比如因生活压力大导致情绪郁闷，出现胸胁部位胀痛、消化不良等表现的人群，临床研究发现其对缓解肝气郁滞相关的消化道及胸胁部不适有一定效果。
适用人群差异方面
加味逍遥丸：更侧重于肝郁血虚脾弱的人群，女性月经不调因肝郁血虚引起者较为适用，在女性群体中，因情绪因素导致月经周期紊乱、经前乳房胀痛等情况时可考虑使用，但孕妇慎用，因为方中药物虽大多较为平和，但仍需谨慎，且有血虚症状明显的人群适用。
柴胡舒肝丸：主要针对肝气郁滞的人群，男性女性均可出现肝气郁滞情况，比如因工作压力大导致情绪抑郁，出现胸胁部胀满不适等，但其适用人群相对更聚焦于肝气郁滞导致气滞引起的胸腹不适，孕妇禁用，因为其药物组成中某些成分可能对妊娠有影响，有明显气滞表现的人群适用。
药理作用差异方面
加味逍遥丸：其中的柴胡、薄荷能疏肝解郁；当归、白芍养血柔肝；白术、茯苓健脾祛湿，诸药合用，通过调节神经内分泌系统等多种途径发挥作用，有研究显示其能调节机体免疫功能，对改善肝郁血虚相关的免疫异常有一定作用。
柴胡舒肝丸：方中柴胡、香附等以疏肝理气为主，陈皮、厚朴等能理气消胀，药理研究表明其主要通过调节胃肠道运动、改善胃肠功能来发挥作用，可促进胃肠蠕动，缓解气滞引起的消化不良等症状。
