水杨酸治疗痤疮虽能通过角质溶解、抗炎等机制改善症状，但存在皮肤刺激、个体耐受性差异、特定人群禁忌、长期使用安全性及联合用药相互作用等缺点。
一、皮肤刺激风险较高。水杨酸的角质剥脱作用可能导致皮肤出现红肿、刺痛、干燥及脱皮等反应，尤其在使用高浓度制剂（如5%以上）或频繁使用时，皮肤屏障破坏风险增加。临床研究显示，2%水杨酸溶液连续使用2周的不良反应发生率约15%-20%，主要表现为轻微红斑和干燥，而5%浓度制剂的刺激反应发生率可升至30%以上。
二、个体耐受性差异显著。敏感肌、玫瑰痤疮患者或屏障功能受损者对水杨酸刺激更敏感，即使低浓度使用也可能诱发或加重炎症反应。皮肤黝黑者因黑色素细胞活跃，使用后色素沉着风险升高约30%，且不同种族人群存在差异，亚洲人群皮肤角质层结构致密，对水杨酸耐受性相对较低，不良反应发生概率增加约10%-15%。
三、特定人群适用性受限。孕妇、哺乳期女性因缺乏安全性数据不建议使用；儿童（尤其是12岁以下）皮肤娇嫩，经皮吸收风险较高，美国FDA未批准2岁以下儿童使用含水杨酸产品；患有湿疹、银屑病等炎症性皮肤病者使用可能加重症状；皮肤有开放性创口或破损时禁用，以免刺激扩散。
四、长期使用潜在安全性问题。长期大面积外用高浓度水杨酸可能导致经皮吸收，5%以上浓度制剂持续使用6个月，血液中水杨酸盐浓度可能接近中毒阈值（>200μg/mL），虽尚未明确其对内分泌系统的具体影响，但存在潜在风险，需严格限制使用周期和面积。
五、与其他治疗手段存在相互作用。与维A酸类（如阿达帕林）、过氧化苯甲酰联合使用时，可能因叠加角质剥脱作用增加皮肤刺激风险，需间隔使用或降低浓度。使用水杨酸期间皮肤光敏感性显著升高，晒伤概率增加30%-40%，需加强广谱防晒措施，避免暴露于强紫外线环境。
