甲减会多系统受累，影响心血管系统致心率减慢、血脂异常增加动脉粥样硬化风险；使消化系统胃肠蠕动减慢、消化功能减退；影响内分泌系统致下丘脑-垂体-甲状腺轴功能异常、女性月经紊乱、男性性功能减退及妊娠期影响胎儿神经发育；导致神经系统出现记忆力减退等症状；引起呼吸系统呼吸功能改变；造成肌肉骨骼系统肌肉乏力、疼痛等症状，且对不同人群影响各异。
消化系统
甲减会使胃肠蠕动减慢，导致消化功能减退，出现食欲减退、腹胀、便秘等症状。甲状腺激素缺乏会影响胃肠道黏膜的代谢和功能，使胃酸分泌减少，消化酶活性降低。儿童甲减患者若胃肠功能受影响，会影响营养物质的吸收，进而影响生长发育，因为生长发育需要充足的营养支持，而胃肠功能不佳会导致营养摄入不足。
内分泌系统
甲减本身就是内分泌系统疾病，它会影响下丘脑-垂体-甲状腺轴的功能。垂体可能会代偿性增大，以试图分泌更多的促甲状腺激素来刺激甲状腺分泌甲状腺激素。女性甲减患者可能会出现月经紊乱，如月经量增多、经期延长等；男性甲减患者可能会出现性功能减退等内分泌相关的问题。在妊娠期，甲减会影响胎儿的神经系统发育，因为甲状腺激素对胎儿的脑发育至关重要，孕妇甲减若未得到及时纠正，可能导致胎儿智力发育障碍等严重后果。
神经系统
甲减患者常出现神经系统症状，如记忆力减退、反应迟钝、嗜睡等。这是因为甲状腺激素对神经系统的发育和功能维持起着重要作用，甲状腺激素缺乏会影响神经细胞的代谢和神经递质的合成与传递。儿童甲减患者若神经系统受影响，会明显影响其学习能力和智力发育，表现为学习成绩下降、注意力不集中等。老年人甲减患者神经系统症状可能会更明显，严重时可能出现精神抑郁等情况。
呼吸系统
甲减患者可能会出现呼吸功能改变，由于代谢率降低，耗氧量减少，可能初期无明显症状，但随着病情进展，可能会出现呼吸浅慢等表现。严重的甲减可能会导致黏液性水肿累及喉部，引起声带水肿，出现声音嘶哑，甚至影响呼吸，造成呼吸困难。对于合并有慢性肺部疾病的患者，甲减引起的呼吸功能改变可能会加重肺部疾病的症状，如慢性阻塞性肺疾病患者，甲减可能会使其呼吸困难症状加剧。
肌肉骨骼系统
甲减患者常出现肌肉乏力、疼痛等肌肉骨骼系统症状。甲状腺激素缺乏会影响肌肉的代谢，导致肌酸激酶升高，肌肉收缩和舒张功能异常。儿童甲减患者肌肉骨骼系统受累会影响其运动发育，如坐、立、走等大运动发育落后于同龄儿童。老年人甲减患者肌肉骨骼系统症状可能会影响其日常生活活动能力，如行走困难、上下楼梯费力等。
