肺泡蛋白沉积症的后果取决于疾病进展速度和治疗情况。若不干预，多数患者会在数月至数年内出现进行性呼吸困难、反复肺部感染，严重时可发展为呼吸衰竭；部分患者可能因肺部结构不可逆损伤，长期依赖氧疗或机械通气维持生命。
肺部功能持续下降：肺泡内脂蛋白样物质沉积会阻塞气体交换，导致血氧饱和度降低，活动耐力显著下降，日常活动如爬楼梯、穿衣等都可能引发明显气促。
反复肺部感染风险增加：沉积物质破坏肺泡表面活性物质，削弱肺部防御功能，易并发细菌性肺炎，表现为高热、咳嗽加重、脓痰等症状，感染可能进一步加速肺功能恶化。
全身多系统受累：长期缺氧可影响心脏负荷，引发肺动脉高压、右心衰竭；部分患者可能出现肝肾功能损害，需综合评估全身状况调整治疗策略。
治疗后恢复差异：规范治疗（如支气管肺泡灌洗）可显著改善症状，但部分患者易复发，需长期随访监测肺功能；儿童患者治疗后需关注生长发育是否受影响，老年患者则需权衡治疗耐受性与获益。
特殊人群注意事项：老年患者需避免剧烈活动，预防感染诱发急性加重；儿童患者治疗期间应加强营养支持，监测生长指标；合并基础疾病（如糖尿病、心脏病）者需优先控制基础病，降低治疗风险。
