经期结束第三天是否会怀孕，取决于月经周期长度和排卵情况。若月经周期规律（28-30天），此时处于卵泡期，怀孕概率较低；若周期较短（21-25天）或情绪、环境影响排卵提前，可能存在受孕风险。
月经周期规律者，经期结束第三天多处于卵泡早期，卵泡尚未发育成熟，无优势卵泡排出，此阶段同房受孕概率极低。但需注意，经期结束后可能因宫颈口未完全闭合、子宫内膜修复不完全，增加感染风险，建议经期结束后2-3天再同房。
月经周期不规律者，如周期短于28天，可能提前进入排卵期，经期结束第三天可能接近或进入排卵期，此时卵子可能已发育成熟，同房受孕概率增加。若周期长于35天，经期结束第三天仍处于卵泡期，怀孕风险低。
特殊人群中，青春期女性（12-18岁）卵巢功能尚未稳定，排卵可能不规律，经期结束第三天可能存在额外排卵风险，需采取避孕措施。围绝经期女性（45-55岁）激素水平波动，可能出现无排卵或排卵提前，同样需关注受孕可能性。
对于有备孕计划者，建议通过基础体温监测、排卵试纸或B超监测明确排卵期，在排卵期同房可提高受孕率。若暂无生育计划，无论何时同房均需采取安全避孕措施，避免意外怀孕。
