脑干损伤会带来多种后遗症，包括运动功能障碍致肢体肌力下降、运动不协调等；认知功能障碍现注意力不集中、记忆力减退等；部分患者长期处于意识障碍状态；颅神经功能障碍有眼球运动障碍、面部感觉障碍、吞咽困难等；还会出现自主神经功能紊乱，如血压不稳定、体温调节异常、汗腺分泌异常等，不同人群受影响表现不同且各有危害。
脑干中包含控制运动的神经传导通路等结构，脑干损伤后常出现运动功能方面的后遗症。例如，患者可能出现肢体瘫痪，表现为一侧或双侧肢体的肌力下降、运动不协调等。这是因为脑干损伤影响了对肢体运动的神经调控，使得神经信号传递受阻，导致肌肉无法正常协调运动。在儿童患者中，可能会影响其正常的生长发育过程中的运动技能发展，如坐、站、走等大运动发育延迟或异常；对于成年患者，可能会严重影响其日常生活自理能力，如穿衣、进食等动作难以完成。
认知功能障碍
脑干与大脑的认知功能区域存在神经联系，脑干损伤可能引发认知功能后遗症。患者可能出现注意力不集中、记忆力减退，尤其是近期记忆力下降较为常见，还可能存在思维迟缓、执行功能障碍等情况。这是由于脑干损伤干扰了神经递质的传递以及神经环路的正常功能，影响了大脑对信息的处理和整合。在老年患者中，本身认知功能就可能随年龄有所下降，脑干损伤会进一步加重这种认知功能的衰退；对于儿童患者，可能会影响其学习能力和智力发育，导致学习成绩落后等问题。
意识障碍相关后遗症
部分脑干损伤患者可能会长期处于意识障碍状态，如植物状态或微意识状态等。植物状态表现为患者有睡眠-觉醒周期，但无任何自知力，不能与外界进行有意识的互动；微意识状态则是患者有一些微弱的意识迹象，如能对简单指令有微弱反应等。这是因为脑干中的网状结构等与意识的维持密切相关，脑干损伤破坏了维持意识的神经结构和功能，导致意识调控失常。对于儿童患者处于意识障碍状态，会严重影响其身体各系统的正常发育，需要特殊的医疗护理和康复干预；对于成年患者，长期意识障碍会给家庭和社会带来沉重的负担，同时也面临着肺部感染、压疮等多种并发症的风险。
颅神经功能障碍
脑干上有许多颅神经核团，脑干损伤会导致颅神经功能后遗症。常见的有眼球运动障碍，如眼球不能正常转动、复视等；面部感觉障碍，包括面部麻木、疼痛等异常感觉；吞咽困难，这是因为脑干损伤影响了吞咽相关的颅神经功能，导致吞咽反射异常，患者进食时容易发生呛咳，进而可能引发吸入性肺炎等并发症。在儿童患者中，吞咽困难可能会影响营养摄入，导致生长发育不良；对于成年患者，吞咽困难会严重影响生活质量，需要通过鼻饲等方式保证营养供给。
自主神经功能紊乱
脑干参与调节自主神经功能，脑干损伤后可能出现自主神经功能紊乱的后遗症。表现为血压不稳定，可能出现血压波动较大，时而升高时而降低；体温调节异常，患者可能出现体温失调，如发热或低体温等情况；还可能有汗腺分泌异常等表现。在老年患者中，本身自主神经功能就相对较弱，脑干损伤会进一步打乱其自主神经的平衡，增加心血管疾病等风险；对于儿童患者，自主神经功能尚未完全发育成熟，脑干损伤对其自主神经功能的影响可能会持续较长时间，需要密切监测和精细的护理来维持内环境稳定。
