本病治疗包括一般治疗（隔离、休息、护理）、对症治疗（高热、惊厥或抽搐、呼吸衰竭的处理）、抗病毒治疗（目前无特效药物，早期可试用干扰素等）以及恢复期及后遗症处理（功能锻炼、营养支持），儿童和老年患者有其特殊注意事项。
休息：应绝对卧床休息，保持环境安静、舒适，减少对患者的刺激。
护理：注意口腔及皮肤清洁，防止压疮和肺部感染。
对症治疗
高热：采用物理降温为主，如冷敷、酒精擦浴、冰袋放在大血管处等，也可使用药物降温，如安乃近滴鼻等，但要避免大量用强退热药致大汗而引起虚脱。儿童患者需特别注意避免因高热引发惊厥等情况，要密切监测体温变化，根据体温情况及时调整降温措施。
惊厥或抽搐：若由高热引起，以降温为主；若由脑水肿所致，应进行脱水治疗，常用20%甘露醇快速静脉滴注；若因呼吸道分泌物堵塞、换气不足致脑细胞缺氧引起，应给氧、保持呼吸道通畅，必要时气管插管或气管切开；若为脑实质病变引起的抽搐，可使用镇静剂，如地西泮、水合氯醛等。对于儿童患者，使用镇静剂时要严格控制剂量，密切观察呼吸等情况。
呼吸衰竭：保持呼吸道通畅，给予吸氧，可使用呼吸兴奋剂，如洛贝林等，必要时进行机械通气。
抗病毒治疗
目前尚无特效抗病毒药物，在疾病早期可试用干扰素等，但疗效不确切。
恢复期及后遗症处理
功能锻炼：对恢复期患者的瘫痪、失语、智能障碍等后遗症，应进行功能锻炼，如按摩、针灸、理疗、语言训练等，促进恢复，要根据患者不同的年龄和病情程度制定个性化的康复方案。
营养支持：给予高热量、易消化的饮食，保证患者营养供应，对于不能自行进食的患者可鼻饲。儿童患者由于生长发育的特殊性，更要注重营养的均衡补充。
特殊人群方面，儿童患者在治疗中需特别关注药物的选择和剂量，避免使用可能对儿童肝肾等器官造成较大负担的药物，同时在护理上要更加精细，密切观察儿童的生命体征和病情变化；老年患者可能合并其他基础疾病，在治疗时要充分考虑基础疾病对治疗的影响，调整治疗方案时需更加谨慎，注意药物之间的相互作用等情况。
