慢性肠胃炎的治疗需根据症状类型选择药物，通常分为对症治疗（如腹痛用解痉药）、抑酸治疗（如质子泵抑制剂）、黏膜保护（如硫糖铝）及益生菌调节肠道菌群，具体用药需遵医嘱。
对症治疗药物：腹痛明显时可短期使用解痉药（如颠茄片），但青光眼、心脏病患者需谨慎；腹泻时可选用蒙脱石散保护肠黏膜，避免长期使用影响营养吸收。
抑酸与黏膜修复：胃酸过多者推荐质子泵抑制剂（如奥美拉唑），但长期使用可能增加骨质疏松风险，建议不超过2周；硫糖铝等黏膜保护剂可促进黏膜愈合，适合胃黏膜糜烂患者。
肠道菌群调节：益生菌制剂（如双歧杆菌三联活菌）可改善肠道功能，尤其适合菌群失调者，儿童及孕妇需选择安全性高的菌株，避免与抗生素间隔2小时以上服用。
特殊人群注意：老年人慎用抗胆碱能药物，可能加重便秘；孕妇及哺乳期女性优先非药物干预，必要时在医生指导下选择哺乳期安全药物；合并糖尿病者需注意饮食与药物对血糖的影响。
非药物干预：饮食规律、避免辛辣刺激及生冷食物，减少酒精摄入，规律作息有助于症状缓解，必要时可短期使用膳食纤维补充剂改善肠道蠕动。
