胎儿亲子鉴定可通过孕期不同阶段的样本采集与检测完成，主要分为孕早期绒毛取样（孕10~13周）、孕中期羊水穿刺（孕16~22周）及无创胎儿亲子鉴定（孕6周后），需由正规医疗机构操作。
孕早期绒毛取样：通过阴道或腹部穿刺获取胎盘绒毛组织，样本需送实验室检测胎儿与疑似父亲的DNA位点，准确率达99.99%，但存在0.5%~1%的流产风险，高龄孕妇或有流产史者需谨慎评估。
孕中期羊水穿刺：抽取20~30ml羊水，提取羊水中胎儿脱落细胞进行DNA分析，准确率高，适用于孕16~22周，流产风险约0.5%，术前需超声确认胎儿位置及胎盘情况。
无创胎儿亲子鉴定：通过采集孕妇外周血（5~10ml），分离其中游离胎儿DNA与孕妇DNA，与疑似父亲样本比对，孕6周后即可进行，安全无流产风险，准确率99.99%，但需排除孕妇染色体异常等特殊情况。
特殊人群提示：孕早期绒毛取样对胎盘发育异常或凝血功能异常者禁忌；羊水穿刺需避开胎盘前置、多胎妊娠等情况；无创检测若孕妇有输血史、器官移植史或接受过异体干细胞治疗，可能影响结果准确性。
