阿莫西林常见不良反应包括过敏反应（发生率约3%-10%，过敏体质、不同年龄人群表现有差异）、胃肠道反应（发生率约10%，长期或大剂量、有胃肠道基础疾病及老年患者更易出现）、肝肾功能损害（相对少见，发生率低于1%，肝肾功能不全及老年患者需谨慎监测）、血液系统反应（较少见，发生率约0.1%，有血液系统疾病及老年患者需格外谨慎）、二重感染（相对较少发生，年老体弱、长期用广谱抗生素等患者易发生，老年患者需警惕）。
胃肠道反应：较为多见，可表现为恶心、呕吐、腹泻、腹痛等。一般认为，其发生率在10%左右。长期或大剂量使用阿莫西林时更容易出现胃肠道反应。对于有胃肠道基础疾病的患者，如患有胃溃疡、胃炎等，使用阿莫西林后胃肠道反应可能更明显，年龄较大的患者胃肠道功能相对较弱，也更易受影响。例如，老年患者使用阿莫西林后可能出现较为明显的腹泻，影响生活质量，需要密切关注。
肝肾功能损害：偶尔会引起肝肾功能损害，表现为血清转氨酶升高、血清肌酐升高等，但相对少见。有研究表明，其发生率低于1%。肝肾功能不全的患者在使用阿莫西林时需要谨慎，因为药物主要通过肝肾代谢，可能加重肝肾功能负担。老年人本身肝肾功能逐渐减退，使用阿莫西林时更要密切监测肝肾功能指标，如发现异常应及时调整用药。
血液系统反应：较少见，可能出现白细胞减少、血小板减少、贫血等。一般认为发生率较低，在0.1%左右。对于本身有血液系统疾病的患者，使用阿莫西林需要格外谨慎，例如患有再生障碍性贫血的患者，使用阿莫西林后可能影响血液系统指标，导致病情波动。不同年龄人群中，老年患者由于机体各项功能衰退，血液系统的代偿能力下降，发生血液系统反应时可能更难恢复。
二重感染：长期使用阿莫西林可能导致菌群失调，引起二重感染，如伪膜性肠炎等。这种情况相对较少发生，但一旦出现后果较为严重。年老体弱、长期使用广谱抗生素等情况的患者更容易发生二重感染，老年患者由于免疫力相对较低，长期使用阿莫西林时需警惕二重感染的发生，应密切观察有无腹泻加重、腹痛等异常表现。
