甲硝唑的不良反应包括胃肠道反应（常见且与服药是否空腹及本身胃肠道疾病病史有关）、神经系统症状（少数出现且与年龄及神经系统疾病病史有关）、过敏反应（可出现多种表现且与药物过敏史有关）、血液系统影响（偶可引起相关指标异常且与本身血液系统疾病有关）及其他如膀胱炎等情况且与本身泌尿系统疾病有关。
表现：较为常见，可出现恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛等症状。这是因为甲硝唑对胃肠道黏膜有一定的刺激作用，影响了胃肠道的正常消化和蠕动功能。例如，有研究表明，服用甲硝唑的患者中约有15%-30%会出现不同程度的胃肠道不适症状。
影响因素：一般与服药时是否空腹有关，空腹服用时胃肠道反应可能更明显。对于本身有胃肠道疾病病史的女性，如胃炎、胃溃疡等，服用甲硝唑后胃肠道反应可能会加重。
神经系统症状
表现：少数患者可出现头痛、眩晕，偶有感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等，大剂量服用时还可能引起抽搐。这是由于甲硝唑可以透过血-脑屏障，干扰神经系统的正常代谢和功能。例如，长期或大剂量使用甲硝唑的患者中，约有0.5%-1%会出现神经系统相关症状。
影响因素：年龄较大的女性相对更容易出现神经系统症状，因为随着年龄增长，神经系统的代偿能力可能下降。有神经系统疾病病史的女性，如癫痫病史等，服用甲硝唑时需要更加谨慎，因为可能会诱发癫痫发作等风险。
过敏反应
表现：可出现皮疹、瘙痒、潮红等，偶可发生血管神经性水肿等，极少数患者还可能出现过敏性休克。这是因为部分女性可能对甲硝唑过敏，机体的免疫系统将其识别为外来抗原，从而引发过敏反应。例如，药物过敏反应的发生率约为1%-3%左右，但严重的过敏性休克虽然发生率低，但一旦发生后果较为严重。
影响因素：有药物过敏史的女性，尤其是对硝基咪唑类药物有过敏史的女性，服用甲硝唑时发生过敏反应的风险明显增高。在用药前需要详细询问过敏史。
血液系统影响
表现：偶可引起白细胞减少、血小板减少等，还可能导致可逆性中性粒细胞减少。这是因为甲硝唑可能影响骨髓的造血功能。例如，有研究显示，大约有0.1%-0.5%的患者在服用甲硝唑后会出现血液系统指标的异常变化。
影响因素：本身有血液系统疾病的女性，如再生障碍性贫血等，服用甲硝唑后血液系统的不良反应可能会加重。在用药过程中需要密切监测血常规等指标。
其他
表现：还可能出现膀胱炎、排尿困难、尿液颜色发黑等情况，这可能与甲硝唑的代谢产物经尿液排出，对泌尿系统产生一定影响有关。
影响因素：本身有泌尿系统疾病的女性，如膀胱炎等，服用甲硝唑后可能会使原有病情加重或出现新的泌尿系统不适症状。
