身高矮小的原因主要包括遗传因素（父母身高影响占60%-70%）、营养因素（长期营养摄入不足或不均衡）、内分泌因素（生长激素缺乏、甲状腺功能减退等）、慢性疾病因素（如慢性肾病、心肺疾病等）及其他因素（如睡眠不足、缺乏运动、心理压力等）。
遗传因素
遗传是影响身高的主要因素，若父母双方身高均处于人群中等水平，子女身高大概率也在中等范围；若父母一方或双方身高显著高于或低于平均水平，子女身高可能受此影响出现相应偏差。
营养因素
儿童青少年时期长期蛋白质、钙、维生素D等营养素摄入不足，会直接影响骨骼生长和发育。例如，蛋白质缺乏会导致生长激素合成原料不足，钙和维生素D缺乏则影响骨骼矿化，进而阻碍身高增长。
内分泌因素
生长激素缺乏症是导致儿童身材矮小的常见内分泌疾病，患者因生长激素分泌不足，骨骼生长速度明显减慢；甲状腺功能减退也会影响生长发育，甲状腺激素缺乏会降低生长激素的作用效果，导致身高增长迟缓。
慢性疾病因素
慢性肾病、心肺疾病、消化系统疾病（如乳糜泻）等慢性疾病会长期消耗机体能量和营养，影响生长激素分泌及骨骼代谢，导致身高增长落后于同龄人。此外，严重贫血、反复感染等情况也可能对生长发育产生不良影响。
其他因素
长期睡眠不足（儿童每天需保证9-12小时睡眠）会影响生长激素夜间分泌高峰；缺乏运动（如长期久坐）会减少骨骼受力刺激，不利于骨骼生长；长期心理压力或情绪问题也可能通过神经内分泌途径影响生长发育。
