未经治疗的新诊断PCNSL的平均生存期为3个月。近年来，随着治疗手段以及方案的不断完善，特别是化疗药物以及策略的改进，PCNSL的治疗效果有了明显提高。
有部分报道PCNSL经治疗后的五年生存率已达30-40％。 (一)PCNSL在治疗方案前的临床稳定性及应急治疗： PCNSL往往病情进展迅速，常出现诊断过程中病灶快速增大，有时甚至影响正规治疗方案的实施。
对于迅速增大的肿瘤病灶，其占位效应如难以在短时间内消除并影响后续治疗，可以进行开颅手术，在获得病理学诊断的同时降低颅内压，为放化疗创造条件。
若颅内病灶多发、或位于深在手术难及的部位，可行立体定向(导航)下活检来明确组织学类型。超过70％的PCNSL对肾上腺皮质激素具有高度敏感性，然而肿瘤对于激素的反应性退缩是暂时的，不能作为一线治疗的方案。
相反，PCNSL确诊以前的激素使用尽管可以减小肿瘤体积，但影响活检的确诊率，因而目前多不主张在病理诊断前使用肾上腺皮质激素类药物。
(二)放射治疗 单纯放射治疗曾经是PCNSL的主要治疗措施。PCNSL放疗的总体有效率达90％，其中约60％患者经照射后病灶可完全消失。
经单纯全脑大剂量放射治疗(WBRT)的PCNSL患者平均生存率仅为12-18月。目前没有临床数据证明对于病灶局限于颅内的PCNSL增加脊髓照射能够提高生存期，因而多采用WBRT。
WBRT在PCNSL治疗中的神经功能损伤发生率远远高于其他脑肿瘤，这是在治疗中不容忽视的问题。2/3 经WBRT的PCNSL患者会出现不同程度的迟发性神经功能障碍，特别是认知功能障碍，如痴呆、尿失禁等。
采用小剂量WBRT虽然可以降低神经损害的发生率，但同时会导致肿瘤的提前复发，降低缩短生存时间。 (三)单纯化疗 尽管低剂量WBRT作为化疗的巩固措施在多数情况下被采用，但是由于仍然无法避免较高的迟发性神经损害发生率，在一些特殊患者，特别是高龄患者中(＞65岁)需谨慎采用，有时只采取单纯化疗方案。
过去采用对系统性NHLs有效的环磷酰胺、阿霉素、长春新碱、强的松(CHOP)全身联合化疗，只获得短期生存的疗效，现在已经少用。
目前首先推荐的化疗方案仍然以大剂量MTX为基础，单独或联合其他NHL敏感药物，或联合利妥昔单抗的免疫化疗方案。2009年美国麻省总院(MGH)报道针对年龄超过70岁患者采用单纯大剂量MTX疗法获得满意效果，平均生存期达37月。
其他报道包括联合替莫唑胺(TMZ)等均将神经毒副作用控制在可接受的范围内。 为提高药物在中枢神经系统浓度，有报道对侵犯软脑膜或皮层的PCNSL进行MTX鞘内注射，但目前并没有确切证据证明其有效性。
另外，一些提高血脑屏障的药物，如甘露醇等得到应用，并在许多报道中证明其有效性。 (四)联合化放疗 为提高PCNSL治疗效果同时降低神经毒性和神经放射损伤的程度，联合化放疗是目前最普遍采用的治疗策略。
虽然各种报道在药物种类、剂量以及放疗剂量上存在多样性，但治疗原则基本一致。基于以氨甲喋呤(MTX)为主的大剂量多疗程化疗，再进行低剂量WBRT。
MTX的剂量从1-8g/m2， 使用时间从3-12月不等，其他联合使用的化疗药包括长春新碱、阿糖胞苷、丙卡巴肼等。
WBRT剂量从23-45Gy不等。据2002年Radiation Therapy Oncology Group (RTOG)报道采用五疗程大剂量MTX、长春新碱、丙卡巴肼(MPV)以及总剂量45Gy WBRT方案，36％患者化疗后完全缓解，94％有效，平均无瘤生存时间达24月，平均生存时间36.9月。
而迟发型神经毒性的发生率为15％。其治疗效果远好于以往单纯WBRT方案。特别对于年龄小于60岁的患者治疗效果提高尤为明显。
2008年IELSG协作组在美国血液病协会会议上报道有关MTX单药与MTX联合阿糖胞苷治疗PCNSL的随机对照临床Ⅱ期研究结果，首次证明联合用药在提高疾病缓解率和生存时间上好于MTX单独用药。
MTX是二氢叶酸还原酶抑制剂，叶酸则是嘌呤和胸腺嘧啶合成需要的必要辅酶。大剂量MTX化疗可致严重的全身性毒性作用，如：骨髓抑制、粘膜炎症和肾毒性等，因此最好有血液浓度监测。
通过大量饮水和尿碱化可以降低肾毒性。亚叶酸(甲酰四氢叶酸)是一种氨甲蝶呤的叶酸拮抗剂，常作为大剂量MTX化疗的解药，纠正对正常细胞的毒副作用，但不会拮抗氨甲蝶呤对恶性肿瘤细胞的毒性作用。
由于亚叶酸穿透血脑屏障的能力较差，可明显拮抗氨甲蝶呤对骨髓和粘膜的毒性作用，而很少影响氨甲蝶呤对CNS淋巴瘤的疗效。
近年来，在化疗基础上发展起来的免疫化疗方案有助于提高肿瘤缓解率，因此逐渐成为热点，并可能是未来进一步提高PCNSL治疗效果的方向之一。
2007年RTOG组再次报道化疗中加入利妥昔单抗(rituximab)的R-MPV免疫化疗方案，然后对完全缓解患者给予23.4Gy和其他患者给予45Gy的WBRT，最后再给予二疗程大剂量阿糖胞苷的类似"三明治"疗法，总有效率达93％，78％免疫化疗后完全缓解，两年生存率在完全缓解(CR)和未CR患者分别为67％和57％，患者两年内行为能力不同程度提高。
(五)干细胞移植 自体干细胞作为复发或高危系统性淋巴瘤的有效治疗方法之一，近年来主要作为PCNSL的解救方案得到一定的应用。
2007年Montemurro等报道的临床Ⅱ期多中心研究，对23名经常规治疗未完全缓解患者使用高剂量MTX诱导，高剂量百消安、噻替哌化疗和自体干细胞移植，未完全缓解患者追加WBRT。
其中3名患者治疗期间死亡，3名死于迟发性放射性脑损伤。总体两年生存率达48％，接受移植患者两年生存率达61％。
(六)解救疗法 对于一线化疗失败以及复发的PCNSL病例，需要采用解救治疗方案。尽管目前没有统一标准的解救方案，但针对不同类型的病例可采用针对性的治疗措施。
WBRT针对单纯化疗无效，或化疗后复发病例。 对于经MTX化疗后缓解但又复发的病人，可再次进行MTX为主的化疗。
对于老年，或一般情况较差的病人可采用替膜唑胺单独或联合利妥昔单抗治疗。 对于年轻或一般情况较好的病人，可尝试联合化疗或大剂量化疗联合干细胞移植。
