胎儿先天畸形还有可能是胎儿机体发育不完善引起的。一般是由于胎儿的脊柱神经在发育时出现了异常导致，神经没有完全发育或发育迟缓，导致胎儿的其他组织比脊柱发育的早，引起胎儿出现畸形的情况。
先天性心脏病也是胎儿发育畸形的一种，心脏的组织系统发育不良引起。有些先天性心脏病患儿在发育时出现血管错位等症状，容易造成心脏输血和供血出现异常，造成胎儿先天畸形。
孕妇在怀孕期间，受到过较强的辐射，孕妇自己可能没有多大是感觉，但是辐射对胎儿是致命的，孕妇在怀孕接触到大流量的辐射，大部分的辐射都会被胎儿所吸收，可能会导致胎儿出现先天畸形，甚至死亡。辐射还会导致胎儿脑部先天畸形，一般是由于胎儿在生长过程中，脑部的神经组织发育不全，导致胎儿脑部组织出现坏死，或大脑停止发育，所造成的胎儿先天畸形。
孕妇在怀孕期间，如果不慎感染了病菌，可能还会导致胎儿也发生感染，造成胎儿先天畸形等症状。孕妇在怀孕期间一定要定期去医院做产检，尽量不要接触或食用会影响胎儿生长发育物品，以免给自己和胎儿造成危害。
