肝内胆管结石一般不会引起后背疼痛，如果肝内胆管结石引起了胆道梗阻、胆管炎、肝脓肿等并发症可出现腹痛，严重时可能会导致后背放射痛。
肝内胆管结石没有引起胆道梗阻、胆管炎以及肝脓肿时，症状较轻者可能会出现上腹部隐痛不适症状。随着病情的进展，患者可能会出现肝区疼痛、上腹部疼痛，有时会出现右侧肩背部的牵涉痛。病情进一步发展，患者还会出现寒战高热、黄疸等症状，病情严重还会出现脓毒症、感染性休克等症状。疾病晚期还会出现胆汁性肝硬化、门静脉高压等症状，表现为肝脾肿大、黄疸症状持续加重等。
肝内胆管结石诱发胆管炎时，患者还可能会出现烦躁不安、进食油腻食物后腹痛加重等症状，严重者还会出现血压下降、心率增快等休克表现。肝内胆管结石诱发肝脓肿时，还可能会出现弛张热、肝区触痛、纳差、食欲不振等症状。
