目前临床上并没有治疗巧克力囊肿的特效药，医生通常会结合患者病情选择合适的药物进行治疗，常用药物包括激素类药物、口服避孕药、中成药等。
1.激素类药物
如孕三烯酮、达那唑、司坦唑等，这些药物可以通过抑制卵巢功能，使异位子宫内膜萎缩，从而缓解痛经等症状。但需注意，这类药物可能引起骨质疏松、潮热等副作用。
2.口服避孕药
如屈螺酮炔雌醇、左炔诺孕酮炔雌醚、米非司酮等，这些药物可通过抑制排卵和子宫内膜生长，减少异位内膜的出血和疼痛，适用于症状较轻、有生育要求的患者。
3.中成药
如桂枝茯苓丸、红金消结片、金刚藤软胶囊等，具有活血化瘀、消肿散结的作用，能够抑制巧克力囊肿的增大，缓解痛经症状。但需注意，中成药的使用也需辨证施治。
