胎儿乙醇综合征的预后通常较差，可能出现多种身体和认知障碍。
胎儿乙醇综合征可能导致身体畸形，如面部异常（短眼裂、鼻短、鼻孔上翻等）、心脏缺陷、四肢发育问题等。这些身体问题会影响孩子的生活质量和健康状况。同时。孩子可能会出现智力低下、学习困难、注意力不集中、多动等问题。这些问题会影响孩子的学业和未来的职业发展。此外，胎儿乙醇综合征还可能影响孩子的社交和情感发展，导致他们难以与他人建立良好的关系，容易出现情绪问题和行为问题。
目前，胎儿乙醇综合征尚无特殊治疗方法，治疗主要是针对症状进行对症治疗。预后受多种因素影响，包括胎儿暴露的程度、母亲的健康状况、孩子的早期干预和支持等。早期诊断和干预对于改善预后非常重要。然而，由于中枢神经系统受损是永久的，因此治疗难度较大，患儿经过治疗多可长大成人，但不具备正常学习、生活、社会生产活动能力。
