社区获得性肺炎和医院获得性肺炎的病原菌在种类、耐药性、感染途径等方面存在区别。
1.种类
社区获得性肺炎主要病原菌包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、军团菌以及呼吸道病毒等。其中，肺炎链球菌是最常见的病原菌。医院获得性肺炎的常见病原菌有铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌（包括耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，MRSA）、肠杆菌科细菌（如大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌等）、不动杆菌属等。
2.耐药性
社区获得性肺炎的病原菌通常对常用抗生素的敏感性相对较高，耐药情况相对较轻。医院获得性肺炎患者由于在医院环境中接受过多种抗菌药物治疗，且医院内病原菌种类复杂，易发生交叉感染，所以病原菌耐药性往往较强，治疗难度更大。
3.感染途径
社区获得性肺炎主要通过空气飞沫传播、接触传播等方式，由社区环境中的病原菌感染所致。医院获得性肺炎多与医院内的各种侵入性操作（如气管插管、中心静脉置管等）、患者之间的交叉感染、医疗器械污染等因素有关。
