复杂性肛瘘复发的概率相对较大，通常认为复发率约为10%，高位复杂性肛瘘的复发率可达20%-30%。
复发风险与疾病复杂程度直接相关。复杂性肛瘘涉及多个内口、外口或瘘管，手术中难以彻底清除所有病灶，若残留支管或未处理全部内口，易导致复发。此外，术后换药不到位形成假性愈合、瘘管位置过高影响手术根治、合并糖尿病等基础疾病未控制，均可能增加复发风险。需注意，复发并非单纯由医生技术决定，更多源于疾病本身的复杂性。
若出现肛周反复流脓、肿痛或愈合后再次破溃，需及时就医。医生可能通过磁共振成像（MRI）明确瘘管走向，制定个体化手术方案，如低切高挂法等，并强调术后规范换药、控制基础病，以降低复发概率。
