染色体异常是导致胚胎停育的重要原因之一，胎停发生的孕周并不固定，通常多集中在孕早期（孕12周以前），尤其是孕8-10周较为常见，但也可能在孕中期出现。
孕早期是胚胎细胞快速分裂、分化以及各器官系统初步形成的关键时期，对染色体的完整性和稳定性要求极高。当胚胎存在染色体数目异常（如21-三体综合征、18-三体综合征）或结构畸变（如染色体易位、倒位）时，细胞的正常分裂和发育进程受到干扰。在孕8-10周，胚胎处于器官发育的高峰期，此时染色体异常带来的不良影响更为显著，容易导致器官发育异常、细胞功能障碍，进而引发胎停。
但部分染色体异常的胚胎，由于自身具有一定的代偿能力，或异常程度相对较轻，可能在孕早期侥幸存活，而在孕中期（13-28周）随着胎儿发育对染色体正常功能需求的进一步增加，逐渐无法维持正常发育，最终出现胎停。此外，不同类型的染色体异常，引发胎停的时间也存在差异，一些严重的染色体数目异常，可能在胚胎着床后不久就发生胎停；而某些结构畸变，可能在胚胎发育到一定阶段才显现出不良后果。
