三个月没有来月经但不是怀孕，可能与内分泌失调、卵巢早衰、子宫内膜损伤、药物等因素有关。
1.内分泌失调：下丘脑-垂体-卵巢轴（HPO轴）的任何一个环节出现功能或器质性病变，都可能导致月经失调。
精神因素：长期的精神压抑、紧张、焦虑或遭受重大精神刺激和心理创伤，都可能导致月经失调，甚至闭经。
过度节食：机体能量摄入不足，会影响体内雌激素的合成，导致月经推迟。
长期熬夜：长期熬夜或作息不规律，会影响人体的生物钟，导致内分泌紊乱，从而影响月经。
剧烈运动：过度运动可能会抑制下丘脑的功能，导致月经失调。
其他：甲状腺功能减退、肾上腺皮质功能亢进、多囊卵巢综合征等疾病，也可能导致月经失调。
2.卵巢早衰：如果女性在40岁之前出现卵巢功能减退，可能会导致月经稀发、经量减少，甚至闭经。
3.其他因素：
子宫内膜损伤：多次人工流产、刮宫等宫腔操作，可能会导致子宫内膜损伤，从而引起月经失调。
某些药物：长期服用某些药物，如避孕药、抗抑郁药等，可能会影响月经。
其他：患有某些疾病，如子宫内膜异位症、子宫腺肌病等，也可能导致月经失调。
如果出现三个月没有来月经但不是怀孕的情况，建议及时就医，进行相关检查，如性激素六项、B超等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，建议保持良好的生活习惯，避免熬夜，合理饮食，适当运动，保持心情愉悦。如果有性生活，还应注意避孕，避免意外怀孕。
