肛门闭锁发病原因主要有遗传、环境和胚胎发育异常三方面。遗传因素上，具遗传倾向，某些基因变异或染色体异常疾病可致发病，家族聚集现象提示特定基因缺陷可遗传，对婴幼儿影响更显著。环境因素包括孕期母亲接触农药等有害物质、感染风疹等病毒、用药不当（如沙利度胺），这些都增加胎儿患病风险。胚胎发育异常方面，胚胎期泄殖腔隔发育不全或局部血液循环障碍，影响肛门直肠正常形成，导致肛门闭锁。
一、遗传因素
肛门闭锁具有一定的遗传倾向，相关研究表明，某些基因的突变或异常可能导致肛门闭锁的发生。例如，一些染色体异常疾病，如21三体综合征等，患儿患肛门闭锁的风险相对较高。部分肛门闭锁病例存在家族聚集现象，提示特定的基因缺陷可能在家族中遗传，增加患病几率。不同年龄段患者中，若家族中有相关病史，遗传因素导致发病的可能性均存在，但婴幼儿因身体器官处于发育阶段，遗传因素对其肛门发育异常的影响更为直接和显著。
二、环境因素
1.孕期母亲接触有害物质
孕期母亲若接触如农药、化学溶剂、重金属等有害物质，胎儿肛门闭锁的发生风险会上升。例如，农药中的有机磷、有机氯等成分可能干扰胎儿的正常发育，影响肛门直肠区域的形态发生。有研究发现，在农药污染环境中生活的孕妇，其胎儿患肛门闭锁等先天性畸形的比例高于正常环境孕妇。母亲生活方式若存在长期接触此类有害物质的情况，风险增加。
2.孕期感染
孕期母亲感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，可能引发胎儿肛门闭锁。病毒感染会影响胎儿细胞的正常分化与发育，导致肛门直肠发育异常。以风疹病毒为例，孕早期感染风疹病毒，胎儿患先天性畸形包括肛门闭锁的概率大幅增加。
3.孕期用药不当
孕期母亲使用某些药物，如沙利度胺等，可致胎儿肛门闭锁。这些药物干扰胚胎的正常发育进程，对肛门直肠的形成产生不良影响。对于有病史需在孕期用药的母亲，更应谨慎，严格遵循医嘱，避免使用可能致畸的药物。
三、胚胎发育异常
在胚胎发育过程中，肛门直肠的形成经历复杂阶段。胚胎第4周起，后肠末端与尿生殖窦之间的中胚层组织增生形成泄殖腔隔，将泄殖腔分为背侧的直肠和腹侧的尿生殖窦。若此过程中发育出现异常，如泄殖腔隔发育不全，未能将泄殖腔完全分隔，就可能导致肛门闭锁。此外，胚胎发育过程中局部血液循环障碍，影响组织的正常生长与分化，也可能造成肛门闭锁。从年龄阶段看，胚胎期是肛门闭锁发病的根源时期，此阶段的发育异常决定了出生后疾病的发生。
