阴茎短小的成因包括先天性因素与后天性因素。先天性因素中，遗传因素决定阴茎基本形态和大小，家族遗传有影响；胚胎发育时受致畸药物、辐射、病毒感染等干扰会阻碍其正常发育；胎儿期雄激素合成不足或靶器官不敏感，以及下丘脑垂体性腺轴功能异常致雄激素分泌紊乱，影响阴茎发育；染色体数目或结构异常也会干扰其发育。后天性因素方面，青春期后垂体瘤、甲状腺功能减退等内分泌疾病影响雄激素分泌；肥胖使阴茎埋藏于脂肪且激素失衡抑制其发育；阴茎外伤及相关手术操作不当影响其生长；长期不良心理状态干扰神经内分泌系统，影响雄激素分泌，还可能导致测量错觉。
一、先天性因素
1.遗传因素：遗传在阴茎发育中起着重要作用，家族遗传可能决定阴茎的基本形态和大小。研究表明，某些基因多态性与男性生殖器官的发育相关，若家族中存在阴茎短小的遗传倾向，后代出现该情况的概率会相对增加。
2.胚胎发育异常：在胚胎发育过程中，若受到某些因素干扰，会影响阴茎的正常发育。如孕期母亲使用某些致畸药物、遭受辐射、感染病毒等，可能阻碍阴茎海绵体、尿道海绵体等结构的正常分化和生长。像孕期感染风疹病毒，可能影响胎儿生殖系统发育，导致阴茎短小。
3.内分泌异常：胎儿期雄激素水平对阴茎发育至关重要。若胎儿自身雄激素合成不足或靶器官对雄激素不敏感，会使阴茎发育受限。如先天性肾上腺皮质增生症患者，因某些酶缺陷影响雄激素合成，可导致阴茎短小。下丘脑垂体性腺轴功能异常，也会引起雄激素分泌紊乱，影响阴茎发育。
4.染色体异常：染色体数目或结构的异常会干扰男性生殖器官发育。如克氏综合征患者，性染色体为XXY，除有睾丸发育不全外，常伴有阴茎短小。特纳综合征患者，性染色体为XO，虽主要影响女性生殖系统，但在部分性发育异常个体中，也可能出现阴茎短小表现。
二、后天性因素
1.内分泌疾病：青春期后，若患垂体瘤、甲状腺功能减退等疾病，会影响内分泌功能，干扰雄激素分泌，进而影响阴茎发育。垂体瘤可压迫垂体组织，导致促性腺激素分泌减少，引起雄激素分泌不足；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，可间接影响雄激素活性，使阴茎发育受影响。
2.肥胖：过度肥胖者，大量脂肪堆积在耻骨前区，使阴茎部分埋藏于脂肪内，从外观上看阴茎显得短小。此外，肥胖可导致体内激素水平失衡，雌激素水平相对升高，雄激素水平相对降低，抑制阴茎海绵体的生长和发育。有研究显示，肥胖男性阴茎短小的发生率高于正常体重男性。
3.外伤与手术：阴茎外伤导致海绵体严重受损，若未得到及时、恰当治疗，会影响阴茎的正常生长和发育。如尿道下裂、隐匿阴茎等手术，若手术操作不当，损伤阴茎海绵体或影响其血供，也可能导致阴茎短小。
4.心理因素：长期处于焦虑、抑郁等不良心理状态，会干扰神经内分泌系统，影响雄激素分泌。心理压力还可能导致患者在测量阴茎长度时，因精神紧张使阴茎处于非自然松弛状态，造成测量值小于实际长度，给患者造成阴茎短小的错觉。
