卵巢巧克力囊肿会降低怀孕几率，其影响程度与囊肿大小、数量、病情严重程度以及是否累及其他生殖器官等因素有关。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，是由于子宫内膜细胞异位到卵巢，随着月经周期反复出血，形成内含巧克力样粘稠液体的囊肿。
囊肿的存在会破坏卵巢正常结构和功能，影响卵泡的生长、发育和排卵。一方面，较大的囊肿可能压迫卵巢组织，使卵巢皮质内的卵泡无法正常发育成熟，导致排卵障碍；另一方面，异位的内膜细胞会释放多种细胞因子和炎症介质，影响盆腔内环境，干扰精子与卵子的结合、受精卵的运输以及着床过程。此外，巧克力囊肿还容易与周围组织发生粘连，累及输卵管时，可造成输卵管堵塞或通而不畅，进一步降低受孕几率。
如果囊肿较小、病情较轻，经过积极治疗，如手术剔除囊肿或药物抑制异位内膜生长，仍有一定怀孕机会；但对于囊肿较大、反复发作或已引起盆腔广泛粘连的患者，怀孕难度会显著增加。部分患者即使成功受孕，在孕期也面临囊肿破裂、流产等风险。
