南瓜子有一定的壮阳、降压、抑制皮肤衰老、安定情绪、改善失眠的作用，炒熟或煮熟后食用口感更好，消化吸收更佳，食用过多可能会消化不良，胃热病人和胆囊炎、胰腺炎患者应尽量少吃或不吃，南瓜子不要生食和食用氧化腐败的南瓜子。
南瓜子富含锌，对男性生殖系统的正常结构和功能维持有重要作用，能有效增加精子数量并提高精子活性，因此被认为有一定的壮阳作用。南瓜子含有丰富的泛酸，这种物质可以缓解静止性心绞痛，并有降压的作用。南瓜子中含有丰富的维生素E，能抑制皮肤衰老，防止色素沉着。南瓜子有助于安定情绪，改善失眠。
南瓜子没有明显的食用禁忌，但食用过多可能会导致消化不良。由于南瓜子较油腻，会刺激胆囊收缩，引起腹痛，因此胆囊炎、胰腺炎患者应尽量少吃或不吃南瓜子。胃热病人宜少食，否则会感到脘腹胀闷。此外，南瓜子有小毒，会影响肝脏功能。南瓜子不要生食，生食不但口味不好，而且食用后的保健作用不大。已经氧化腐败的南瓜子不要食用，食后可能引起恶心、呕吐、腹痛。
南瓜子可以生吃，也可以炒熟或煮熟后食用。生吃南瓜子可以最大程度地保留其中的营养成分，但口感可能较差。炒熟或煮熟后的南瓜子口感更好，也更容易被人体消化吸收。南瓜子可以作为零食直接食用，也可以加入其他食物中一起食用，如面包、饼干、粥等。
南瓜子是一种营养丰富的食物，具有一定的保健作用。但南瓜子不能代替药物，如有疾病应及时就医，遵医嘱治疗。
