疱疹性咽峡炎不是手足口病，二者虽有相似处，但在病原体、临床表现和治疗上存在差异。
疱疹性咽峡炎和手足口病均由肠道病毒引起，其中柯萨奇病毒A组是主要病原体，部分由肠道病毒71型（EV71）引发。但疱疹性咽峡炎的疱疹主要集中在口腔咽峡部，表现为咽腭弓、悬雍垂、扁桃体等部位散在灰白色疱疹，周围绕以红晕，破溃后形成浅溃疡，极少出现在手、足、臀部；而手足口病除口腔疱疹外，手、足、臀部、肘部等部位会出现斑丘疹、疱疹，皮疹周围有炎性红晕，疱内液体较少。同时，疱疹性咽峡炎通常症状较轻，多有发热、咽痛、食欲减退等，一般1周左右自愈；手足口病多数预后良好，但部分由EV71感染引起的病例，易发展为重症，出现脑膜炎、肺水肿等严重并发症，甚至危及生命。
由于二者均为病毒感染，目前尚无特效抗病毒药物，治疗以对症处理为主。疱疹性咽峡炎患者需注意口腔卫生，可用淡盐水漱口，发热时采取物理或药物降温；手足口病患者除对症治疗外，重症患者需密切监测病情变化，必要时入住重症监护室治疗。虽然二者病原体有重叠，但抗体不具备交叉保护作用，痊愈后仍可能因感染其他血清型病毒而再次患病，因此日常需做好预防，如勤洗手、保持室内通风、避免去人员密集场所等。
