自身免疫性肝炎病因未完全明确，是遗传易感性与环境因素共同作用结果，遗传易感性方面特定基因位点相关且不同性别、年龄段有差异，家族有患者个体风险高；环境因素包括病毒感染可打破免疫耐受、特定药物可引发自身免疫反应、长期不良生活方式如过度饮酒、压力过大可能协同发病
遗传易感性方面：研究发现，自身免疫性肝炎具有一定的遗传倾向。特定的基因位点与自身免疫性肝炎的发病相关，例如某些人类白细胞抗原（HLA）基因的变异可能增加个体患自身免疫性肝炎的风险。不同性别和年龄段的人群遗传易感性可能存在差异，女性相对男性更易受遗传因素影响而患自身免疫性肝炎，在儿童和青少年中，遗传因素在发病中的作用也不容忽视，有家族中有自身免疫性肝炎患者的个体，其发病风险相对较高。
环境因素方面：病毒感染可能是重要的环境诱因之一。某些病毒感染后，可能会打破机体的免疫耐受，导致免疫系统错误地攻击自身肝细胞。例如，甲型、乙型、丙型等肝炎病毒感染都可能与自身免疫性肝炎的发病存在关联。药物也可能是诱发自身免疫性肝炎的环境因素，一些特定的药物，如甲基多巴、呋喃妥因等，在某些具有遗传易感性的个体中使用后，可能引发自身免疫反应，攻击肝细胞，从而导致自身免疫性肝炎的发生。此外，长期的不良生活方式，如过度饮酒（虽然自身免疫性肝炎患者中饮酒导致的相对较少，但长期过度饮酒可能影响肝脏功能，对于有遗传易感性的人可能增加发病风险）、长期处于压力过大状态等，也可能通过影响机体的免疫功能等途径，在自身免疫性肝炎的发病中起到一定的协同作用。
