鼻咽癌常见病理分类包括鳞状细胞癌和腺癌，鳞状细胞癌分分化型（有细胞间桥和角化珠形成，与EB病毒等相关，不同人群可发病，家族史人群风险高）和未分化型（含泡状核细胞癌、未分化鳞状细胞癌实体型，与EB病毒关系密切，发病年龄等有倾向性），腺癌少见，具腺上皮分化特点，分高、中、低分化，发生与鼻咽部腺上皮异常增殖相关，有鼻咽部腺体病变病史人群需警惕恶变
鳞状细胞癌：
分化型鳞状细胞癌：包括角化性大细胞型鳞状细胞癌等。这类癌巢中有细胞间桥和（或）角化珠形成。在组织学形态上具有鳞状细胞分化的特征，一般分化程度相对较高，癌细胞具有一定的鳞状上皮细胞的形态特点，如细胞间可见细胞间桥，癌巢中心可出现角化珠。在流行病学方面，可能与EB病毒感染等因素相关，不同年龄、性别、生活方式的人群都可能发生，有鼻咽癌家族病史的人群相对风险可能更高。
未分化型鳞状细胞癌：又可分为泡状核细胞癌和未分化鳞状细胞癌（实体型）等亚型。泡状核细胞癌的特点是癌细胞呈圆形或卵圆形，核大呈空泡状，核仁明显，常为多个，癌细胞间界限不清晰，癌巢周围常有淋巴细胞浸润。未分化鳞状细胞癌（实体型）则癌细胞较小，呈圆形或短梭形，弥漫分布，无明显的鳞状细胞分化特征。这类未分化型鳞状细胞癌与EB病毒感染的关系更为密切，在发病年龄上可能有一定的倾向性，在生活方式方面，长期处于被EB病毒污染环境等可能增加发病风险，有鼻咽癌家族病史的人群需格外关注。
腺癌：鼻咽部的腺癌相对少见，其组织学形态与身体其他部位的腺癌相似，具有腺上皮分化的特点，可分为高分化、中分化和低分化腺癌等。高分化腺癌癌细胞形成明显的腺腔结构，细胞具有腺上皮细胞的形态特征；中分化腺癌腺腔结构不太明显，细胞有一定的异型性；低分化腺癌腺腔结构不明显，细胞异型性较明显。腺癌的发生可能与鼻咽部腺上皮的异常增殖相关，在性别、年龄等方面没有明显的特异性倾向，但有鼻咽部腺体相关病变病史的人群可能需要更加警惕其恶变的可能。
