子宫腺肌病病因未完全明确，主要与子宫肌层损伤、雌激素异常、遗传因素、干细胞异常、免疫因素相关，子宫肌层损伤致基底层内膜细胞侵入肌层为重要诱因，雌激素异常刺激内膜向肌层侵袭，有遗传易感性，干细胞异常可致内膜组织侵入肌层，免疫功能异常可能参与发病且具体机制待深入研究
子宫肌层损伤：多次妊娠及分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎等造成子宫肌层损伤，使得基底层子宫内膜细胞侵入肌层生长，这是较为重要的诱因。比如经产妇由于经历过多次妊娠和分娩过程，子宫肌层受到的损伤相对较多，患子宫腺肌病的风险可能较未产妇更高；频繁进行人工流产手术的女性，子宫肌层也容易受损，从而增加子宫腺肌病的发病几率。
雌激素异常：雌激素可以促进子宫内膜的生长，当体内雌激素水平异常升高时，会刺激子宫内膜向肌层侵袭。例如长期服用含有雌激素的保健品或使用雌激素替代治疗的女性，体内雌激素水平处于较高状态，可能会增加子宫腺肌病的发生风险。
遗传因素：有研究表明，子宫腺肌病具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有子宫腺肌病，那么个体患病的风险可能会相对增加，但具体的遗传模式还不十分清晰，可能是多基因遗传等复杂的遗传机制在起作用。
干细胞异常：子宫内膜干细胞的异常分化可能与子宫腺肌病的发生有关。正常情况下干细胞按照一定的规律分化为子宫内膜的各种细胞成分，当干细胞分化出现异常时，可能导致子宫内膜组织侵入肌层，引发子宫腺肌病。
免疫因素：机体的免疫功能异常也可能参与子宫腺肌病的发病过程。例如自身免疫反应可能错误地攻击子宫肌层组织，导致子宫肌层出现炎症反应等，进而促使子宫腺肌病的发生发展。不过目前关于免疫因素在子宫腺肌病发病中的具体作用机制还需要进一步深入研究。
