子宫腺肌病病因未完全明确，主要与子宫肌层损伤（包括妊娠相关因素、宫腔操作史）、雌激素水平相关（雌激素刺激）、遗传因素（家族聚集性提示遗传可能起作用）相关
子宫肌层损伤
妊娠相关因素：多次妊娠及分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎等可造成子宫肌层损伤，使得基底层子宫内膜侵入肌层。例如，经产妇由于多次妊娠分娩过程中子宫肌层受到机械性损伤的机会增多，其子宫腺肌病的发病风险相对较高。在妊娠时，子宫肌层的血管、间质等结构会发生变化，若此时出现内膜的侵入，就容易引发子宫腺肌病。
宫腔操作史：频繁的宫腔操作，如多次刮宫等，也可能破坏子宫肌层的完整性，为子宫内膜侵入肌层创造条件。有宫腔操作史的女性，子宫内膜基底层细胞可能更容易通过损伤的部位进入肌层并增殖，从而增加子宫腺肌病的发生几率。
雌激素水平相关
雌激素刺激：雌激素是子宫内膜生长的重要调节因素，子宫腺肌病患者的子宫肌层中存在异常增生的子宫内膜腺体和间质，这些内膜组织的生长可能受到雌激素的持续刺激。体内雌激素水平较高时，会促进子宫内膜腺体和间质的增生，当这种增生超出了子宫肌层的容纳能力时，就可能导致内膜侵入肌层形成子宫腺肌病。例如，在青春期前女性，由于雌激素水平较低，子宫腺肌病极少发病；而在育龄期女性，随着雌激素水平的变化，尤其是在妊娠、哺乳期等雌激素波动较大的时期，可能会诱发或加重子宫腺肌病。
遗传因素
家族聚集性：部分子宫腺肌病患者存在家族聚集现象，提示遗传因素可能在其发病中起到一定作用。研究发现，某些基因的突变或多态性可能与子宫腺肌病的易感性相关。例如，一些与子宫肌层结构和功能相关的基因发生改变时，可能影响子宫肌层对内膜的防御能力，使得内膜更容易侵入肌层，从而增加子宫腺肌病的发病风险。但目前具体的相关致病基因仍在进一步研究中。
