疱疹性咽峡炎与手足口病在病原体、临床症状表现、皮疹特点、传播途径、好发人群及季节、预后情况等方面存在区别，疱疹性咽峡炎主要由柯萨奇病毒A组引起，皮疹集中咽部等，多见于1-7岁儿童夏秋季，多数预后好；手足口病多由肠道病毒71型等引起，皮疹还发于手、足，5岁以下儿童多见，部分重症可致死亡，婴幼儿及有基础疾病儿童需特殊关注，二者均需隔离、保证休息等。
临床症状表现：
疱疹性咽峡炎：主要表现为急骤发热，大多为低热或中度发热，伴有咽痛，咽部充血，咽腭弓、软腭、悬雍垂的黏膜上可见数个至十数个2-4mm大小灰白色的疱疹，周围绕以红晕，1-2日后破溃成小溃疡，表面覆盖有淡黄色假膜，周围黏膜呈现鲜红色。病程1周左右。
手足口病：典型症状为手、足、口腔等部位出现斑丘疹、疱疹。疱疹周围可有炎性红晕，疱内液体较少。部分患儿可伴有咳嗽、流涕、食欲不振、恶心、呕吐、低热等症状。病情严重程度不一，EV71感染引起的手足口病较易出现神经系统、呼吸系统等并发症。
皮疹特点：
疱疹性咽峡炎：皮疹主要集中在咽部及口腔黏膜部位。
手足口病：皮疹除了出现在口腔外，手、足部位也会有较多皮疹分布，典型的是手、足的掌侧出现疱疹。
传播途径：两者都可通过消化道（粪-口途径）、呼吸道（飞沫、咳嗽、打喷嚏等）传播，也可通过接触患者的口鼻分泌物、皮肤或黏膜疱疹液及被污染的手及物品等感染。
好发人群及季节：
疱疹性咽峡炎：多见于1-7岁儿童，夏秋季为高发季节。
手足口病：5岁以下儿童尤其是3岁以下儿童多见，四季均可发病，以夏秋季多见。
预后情况：
疱疹性咽峡炎：多数预后良好，为自限性疾病，经过对症处理等，一般1周左右可恢复。
手足口病：大部分患儿预后良好，但EV71感染引起的手足口病少数患儿可出现脑膜炎、脑炎、脑脊髓炎、肺水肿、循环障碍等重症表现，个别重症患儿病情进展快，可导致死亡。
特殊人群方面：对于婴幼儿，由于其免疫系统发育尚不完善，在感染疱疹性咽峡炎或手足口病时，病情变化相对较快，需要密切观察体温、精神状态等情况。如果是有基础疾病的儿童，如先天性心脏病、免疫缺陷等，感染后发生重症的风险更高，需更加谨慎对待，一旦出现异常表现应及时就医。在生活方式上，无论是疱疹性咽峡炎还是手足口病患儿，都需要注意隔离，避免交叉感染，患病期间要保证充足的休息，饮食上宜给予清淡、易消化的食物，保持口腔清洁等。
