自身免疫性肝炎由自身免疫反应介导，发生涉及遗传易感性、环境因素和免疫系统异常。遗传上自身免疫性肝炎具倾向，特定基因位点及性别差异影响；环境中感染（含分子模拟）、药物可诱发，不同年龄对药物反应不同；免疫系统异常表现为免疫耐受打破，自身反应性T淋巴细胞激活B淋巴细胞产自身抗体致肝细胞损伤炎症。
遗传易感性
研究表明，自身免疫性肝炎具有一定的遗传倾向。某些基因位点的多态性与自身免疫性肝炎的发病风险密切相关。例如，人类白细胞抗原（HLA）基因复合体中的特定等位基因，如HLA-DR3、HLA-DR4等，与自身免疫性肝炎的易感性增加相关。携带这些特定基因的个体，其免疫系统识别自身抗原的机制可能出现异常，更容易引发针对肝脏细胞的自身免疫反应。不同性别在遗传易感性上可能存在差异，有研究发现女性携带相关易感基因后发病风险相对更高，这可能与女性体内的激素水平等因素有关，女性体内的雌激素等激素可能会影响免疫系统的调节，进而影响自身免疫性肝炎的发病几率。
环境因素
感染因素：某些病毒感染可能是自身免疫性肝炎的诱发因素之一。例如，丙型肝炎病毒感染后，可能会导致机体免疫平衡失调，引发针对肝脏的自身免疫反应。一些细菌感染也可能通过分子模拟机制诱发自身免疫性肝炎。当细菌的某些抗原表位与肝脏细胞的抗原表位相似时，机体的免疫系统在攻击细菌抗原时，误将肝脏细胞抗原当作外来抗原进行攻击，从而启动自身免疫反应。不同生活方式的人群在感染相关风险上有所不同，例如经常接触感染源的人群（如医护人员经常接触患者血液等感染源）感染相关病毒、细菌的几率相对较高，进而增加自身免疫性肝炎的发病风险。长期处于不良生活环境中的人群，如居住在卫生条件较差地区的人群，感染风险也会升高。
药物因素：某些药物可能诱发自身免疫性肝炎。例如，异烟肼等抗结核药物，可能会引起机体的免疫反应异常，导致肝脏炎症。不同年龄的人群对药物的代谢和反应可能不同，儿童的肝脏代谢功能尚未完全发育成熟，对药物的耐受性和反应与成人不同，使用某些可能诱发自身免疫性肝炎的药物时，儿童发生不良反应的风险可能更高。老年人由于肝脏等器官功能减退，对药物的代谢和清除能力下降，使用相关药物后也更容易出现药物相关的免疫异常反应。
免疫系统异常
正常情况下，机体的免疫系统能够识别自身抗原并维持免疫耐受。但在自身免疫性肝炎患者中，免疫系统的免疫耐受被打破。自身反应性T淋巴细胞被激活，这些T淋巴细胞能够识别肝脏细胞表面的自身抗原，如肝细胞表面的可溶性肝抗原/肝胰抗原（SLA/LP）等。被激活的T淋巴细胞会进一步活化B淋巴细胞，B淋巴细胞产生自身抗体，如抗核抗体（ANA）、抗平滑肌抗体（SMA）等。这些自身抗体与肝脏细胞结合，通过补体介导的细胞毒性作用、抗体依赖的细胞介导的细胞毒性作用等机制，导致肝脏细胞的损伤和炎症反应，进而引发自身免疫性肝炎。不同病史的患者，其免疫系统异常的程度和表现可能不同。例如，有自身免疫性疾病家族史的患者，其免疫系统本身可能存在一定的基础异常，在遇到合适的诱因时，更容易发生自身免疫性肝炎。
