直肠阴道瘘的病因包括先天性因素和后天性因素，先天性因素主要是胚胎发育异常致泄殖腔分隔不完全；后天性因素有分娩损伤（经阴道分娩、会阴侧切及撕裂修复不当）、盆腔手术损伤（妇科手术、直肠手术）、炎症性疾病（克罗恩病、溃疡性结肠炎）、恶性肿瘤侵犯（直肠癌、阴道恶性肿瘤侵犯直肠）
一、先天性因素
1.胚胎发育异常：在胚胎发育过程中，泄殖腔分隔不完全等情况可能导致直肠阴道瘘。正常胚胎发育到一定阶段，泄殖腔会被分隔为尿生殖窦和原始直肠，若分隔异常，就可能使直肠与阴道之间形成异常通道。这种情况在新生儿中也可能存在，与胎儿在母体内的发育环境等因素相关，女性胎儿在胚胎期的发育受多种基因调控及母体环境影响，任何干扰正常胚胎发育进程的因素都可能增加胚胎发育异常导致直肠阴道瘘的风险。
二、后天性因素
1.分娩损伤
经阴道分娩：是后天性直肠阴道瘘的主要病因之一。在分娩过程中，尤其是难产、第二产程延长等情况时，胎儿先露部长时间压迫阴道后壁及直肠，导致局部组织缺血、坏死，进而形成瘘管。例如，胎儿过大、胎位异常等情况使得分娩时对产道的挤压过度，容易造成直肠阴道组织的损伤。经阴道助产手术，如产钳助产等，操作不当也可能直接损伤直肠阴道隔，引发直肠阴道瘘。
会阴侧切及撕裂修复不当：会阴侧切或会阴撕裂后，如果缝合时对合不佳、组织感染等，也可能影响伤口愈合，导致直肠阴道瘘的发生。比如缝合时线结过紧影响局部血运，或者术后伤口发生感染，炎症破坏组织，都可能使直肠与阴道之间形成通道。
2.盆腔手术损伤
妇科手术：如经阴道的子宫切除术、盆腔恶性肿瘤根治术等。在子宫切除过程中，分离直肠与阴道之间的组织时操作失误，或者在处理盆腔血管、韧带等结构时损伤直肠或阴道，都可能导致直肠阴道瘘。例如，在广泛子宫切除术中，需要分离直肠与阴道的间隙，如果解剖层次不清或者操作粗暴，就容易损伤直肠，术后若愈合不良则形成瘘管。
直肠手术：直肠肿瘤手术等也可能累及阴道而引发直肠阴道瘘。当直肠肿瘤与阴道关系密切时，手术中切除肿瘤过程中可能不小心损伤阴道，从而导致直肠阴道之间出现异常通道。
3.炎症性疾病
克罗恩病：这是一种慢性炎症性肠病，可累及肠道全层，导致肠道与周围组织粘连、穿透。当病变累及直肠和阴道时，就可能形成直肠阴道瘘。克罗恩病的发病机制与免疫异常等多种因素相关，患者肠道出现慢性炎症，反复的炎症刺激使得肠道与阴道之间的组织破坏，进而形成瘘管。其在任何年龄均可发病，但多见于中青年，女性患者相对男性可能有更高的直肠阴道瘘发生风险，可能与女性生殖系统的解剖特点及炎症累及的易感性有关。
溃疡性结肠炎：主要累及结肠黏膜和黏膜下层，病情严重时也可能累及直肠周围组织，若炎症波及阴道，也有可能导致直肠阴道瘘的形成。溃疡性结肠炎的发病与肠道免疫失衡等因素有关，长期的炎症活动使得直肠局部组织脆弱，容易与阴道相通形成瘘管。
4.恶性肿瘤侵犯
直肠癌：当直肠癌进展到晚期时，肿瘤组织可能侵犯周围组织，包括阴道。肿瘤不断生长，侵蚀直肠与阴道之间的组织，最终导致直肠阴道瘘的形成。直肠癌的发生与遗传、饮食习惯、肠道慢性炎症等多种因素相关，男性和女性发病风险有所不同，且随着年龄增长，发病风险逐渐增加。肿瘤侵犯阴道导致直肠阴道瘘时，患者可能出现阴道排气、排便等症状，严重影响生活质量。
阴道恶性肿瘤：阴道恶性肿瘤侵犯直肠时，也可造成直肠阴道瘘。阴道恶性肿瘤的发生与病毒感染（如高危型人乳头瘤病毒感染）、长期慢性刺激等因素有关，不同病理类型的阴道恶性肿瘤其发病特点有所差异，对于女性患者来说，阴道恶性肿瘤侵犯直肠引发直肠阴道瘘会给患者带来诸多身体和心理上的困扰。
