内分泌失调的病因包括激素分泌异常相关因素（下丘脑-垂体功能异常的年龄、疾病因素及靶器官自身病变的性别、疾病因素）、内分泌调节机制紊乱相关因素（生活方式的饮食、作息、运动因素，精神心理因素，遗传因素）
一、激素分泌异常相关因素
下丘脑-垂体功能异常
年龄因素：儿童时期下丘脑-垂体-靶腺轴尚未完全成熟，可能出现激素分泌相对不足或失衡情况，如青春期前儿童生长激素分泌不足可能导致生长发育迟缓；而随着年龄增长，老年人下丘脑-垂体的调节功能逐渐减退，促甲状腺激素、促性腺激素等分泌量会发生变化，影响甲状腺、性腺等靶器官的功能，易引发内分泌失调。例如，老年男性雄激素分泌减少，可能出现精力下降、性功能减退等表现；老年女性雌激素水平降低，会增加骨质疏松等疾病的发生风险。
疾病影响：下丘脑或垂体的肿瘤可影响激素的正常分泌。垂体瘤可能导致生长激素、泌乳素等分泌异常。如泌乳素瘤会使泌乳素异常升高，女性患者可出现月经紊乱、泌乳等症状，男性患者可能有性功能减退等表现。另外，下丘脑-垂体部位的炎症、创伤等也会干扰激素的分泌调节，进而引发内分泌失调。
靶器官自身病变
性别因素：女性的卵巢疾病较为常见，如多囊卵巢综合征，这与女性体内雄激素水平相对升高、雌激素比例失调等有关，主要表现为月经不调、多毛、痤疮、不孕等。而男性的睾丸病变也可导致内分泌失调，例如睾丸间质细胞损伤会使雄激素分泌减少，影响男性第二性征及性功能等。
疾病情况：甲状腺疾病是靶器官自身病变导致内分泌失调的典型例子。自身免疫性甲状腺炎会破坏甲状腺组织，影响甲状腺激素的合成与分泌，引发甲状腺功能减退或亢进。甲状腺功能减退时，患者可出现畏寒、乏力、黏液性水肿等表现；甲状腺功能亢进时则会有怕热、多汗、心慌、手抖等症状。另外，胰岛病变引起的糖尿病也属于内分泌失调范畴，1型糖尿病是由于胰岛β细胞被自身免疫破坏，胰岛素分泌绝对不足导致；2型糖尿病则与胰岛β细胞功能减退及胰岛素抵抗有关，患者会出现血糖代谢紊乱等一系列内分泌及代谢异常表现。
二、内分泌调节机制紊乱相关因素
生活方式因素
饮食方面：长期摄入高热量、高脂肪、高糖的食物，会导致体重超标，进而引起胰岛素抵抗，增加患2型糖尿病等内分泌代谢疾病的风险。例如，过多食用甜食会使血糖波动较大，长期如此会影响胰岛细胞的功能。而缺乏某些营养素也会影响内分泌功能，如缺乏碘会导致甲状腺激素合成障碍，引发地方性甲状腺肿等疾病。
作息方面：长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响下丘脑-垂体-肾上腺轴的正常节律，导致皮质醇等激素的分泌异常。皮质醇在应激反应中起重要作用，长期昼夜节律紊乱会影响机体的应激调节和代谢功能，可能出现情绪波动、血压异常、血糖异常等内分泌失调相关表现。另外，过度劳累会使身体处于应激状态，也会干扰内分泌系统的正常调节。
运动方面：长期缺乏运动的人，身体代谢率降低，脂肪堆积，容易出现胰岛素抵抗，同时也会影响激素的正常分泌与调节。适当运动有助于维持内分泌系统的平衡，促进新陈代谢，如规律的有氧运动可以改善心血管功能，调节血脂、血糖等代谢指标，对内分泌系统有积极的调节作用。
精神心理因素
长期处于紧张、焦虑、抑郁等不良情绪状态下，会通过神经-内分泌系统的相互作用影响激素分泌。例如，长期精神压力过大时，下丘脑分泌的促肾上腺皮质激素释放激素增加，促使垂体分泌促肾上腺皮质激素，进而使肾上腺皮质分泌皮质醇增多，长期皮质醇升高可能导致代谢紊乱、免疫力下降等内分泌失调相关问题。女性在长期精神紧张时，还可能出现月经不调等妇科内分泌紊乱表现。
遗传因素
某些内分泌疾病具有明显的遗传倾向。例如，家族性甲状腺髓样癌是由RET原癌基因突变引起的常染色体显性遗传病，患者甲状腺C细胞会过度分泌降钙素等激素，导致内分泌功能异常。再如，遗传性肾上腺皮质增生症是由于肾上腺皮质激素合成过程中相关酶的缺陷，由遗传基因突变导致，可引起糖皮质激素、盐皮质激素等分泌异常，出现一系列肾上腺皮质功能紊乱的表现，如女性患者可能出现男性化表现等。
