怀孕50天有咖啡色分泌物可能是先兆流产、异位妊娠、葡萄胎或其他原因引起，应及时就医，进行相关检查，明确原因，并采取相应的治疗措施。
1.先兆流产：怀孕50天时，咖啡色分泌物可能是先兆流产的表现。先兆流产指妊娠28周前，先出现少量的阴道流血、继而出现阵发性下腹痛或腰痛，盆腔检查宫口未开，胎膜完整，无妊娠物排出，子宫大小与孕周相符。
原因：胚胎染色体异常、孕妇内分泌失调、孕妇患有全身性疾病、子宫畸形、创伤、情绪过度紧张等。
治疗：主要是卧床休息，禁忌性生活，减少刺激。黄体功能不足者可给予黄体酮肌内注射，也可口服维生素E。如果经治疗2周后，阴道流血停止，B超提示胚胎存活，可继续妊娠。如果临床症状加重，B超发现胚胎发育不良，hCG持续不升或下降，表明流产不可避免，应终止妊娠。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，也可能出现阴道流血，颜色可为咖啡色。
原因：输卵管炎症、输卵管手术、放置宫内节育器、受精卵游走等。
治疗：以手术治疗为主，其次是化学药物治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，根据停经后阴道流血、子宫大于停经月份、变软，血清HCG水平异常升高等，可做出诊断。
原因：完全性葡萄胎的发生与卵子的异常受精有关；部分性葡萄胎的发生与配子的染色体异常有关。
治疗：一经确诊，应及时清宫。葡萄胎清除后，需要定期随访，包括血HCG测定、超声检查等，直至完全恢复正常。随访期间应严格避孕1~2年，最好使用避孕套，不宜使用宫内节育器，以免混淆子宫出血的原因。
4.其他：宫颈息肉、宫颈癌等也可能导致怀孕50天时出现咖啡色分泌物。
如果怀孕50天时出现咖啡色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情舒畅。如果出现腹痛、阴道流血增多等异常情况，应立即就医。
