桥本甲状腺炎的发病与遗传、自身免疫、环境因素相关。遗传上具易感性，家族有患者则他人风险增加；自身免疫异常是关键，产生自身抗体破坏甲状腺；环境中感染可能触发免疫反应致甲状腺损伤，碘摄入异常也与之相关，不同人群因各因素影响患病风险不同。
自身免疫因素
机体自身免疫系统异常是引发桥本甲状腺炎的关键因素。正常情况下，免疫系统能够识别和清除外来的病原体等异物，但在自身免疫紊乱时，免疫系统会错误地将甲状腺组织当作外来的“敌人”进行攻击。具体来说，体内会产生针对甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等自身抗体。这些自身抗体的存在会持续破坏甲状腺细胞，导致甲状腺的正常结构和功能受到损害，进而引发桥本甲状腺炎。这种自身免疫反应的发生不受性别明显的绝对限制，但在女性中的发病率相对较高，可能与女性的内分泌特点等因素有关，比如女性在青春期、孕期、哺乳期等特殊生理阶段，内分泌环境变化较大，可能更容易诱发自身免疫的失衡从而增加患病风险。
环境因素
感染因素：某些病毒感染可能与桥本甲状腺炎的发病相关。例如，柯萨奇病毒、EB病毒等感染后，可能会触发机体的免疫反应，这种免疫反应可能会波及甲状腺，诱导自身免疫性的损伤，从而增加患桥本甲状腺炎的几率。不同生活方式的人群，感染的机会可能不同，比如经常处于人群密集场所的人相对更容易接触到病毒而增加感染风险。
碘摄入因素：碘是甲状腺合成甲状腺激素的重要原料。碘摄入异常可能影响甲状腺的功能和自身免疫状态。过量摄入碘可能会加重自身免疫性甲状腺炎的炎症反应，而碘摄入不足也可能对甲状腺的正常生理功能产生影响，进而与桥本甲状腺炎的发病相关。不同年龄阶段对碘的需求不同，例如儿童处于生长发育阶段，对碘的需求有一定范围，若在此阶段碘摄入不符合其生理需求范围，可能会影响甲状腺健康，增加患病风险；成年人的碘摄入情况也会因生活地区的碘含量水平等因素而有所不同，沿海地区居民可能碘摄入相对较多，需要注意合理控制碘的摄入以维持甲状腺的正常状态。
