小儿肠套叠引起原因较为复杂，与解剖因素（婴儿期回盲部系膜未完全固定致活动度大）、饮食改变（添加辅食阶段饮食性质和环境突然改变致肠道功能紊乱）、病毒感染（某些病毒感染致肠管淋巴结肿大影响肠道蠕动排空）、遗传因素（有家族聚集性倾向提示遗传易感性起作用）、肠道蠕动异常（各种原因致肠道蠕动紊乱打乱正常节律）、其他因素（生活环境、情绪状态等间接影响肠道功能增加发病几率）相关
解剖因素：婴儿期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是容易发生肠套叠的解剖学基础。例如，在婴儿发育过程中，回盲部相对游离，当肠道蠕动节律发生变化时，就可能导致肠管套入邻近肠管。
饮食改变：小儿在添加辅食的阶段，肠道对食物的适应能力较差，饮食性质和环境的突然改变可能引起肠道功能紊乱，从而诱发肠套叠。比如从单纯的母乳或配方奶喂养过渡到添加较多固体辅食时，肠道需要适应新的食物成分，可能引发肠套叠。
病毒感染：某些病毒感染可能会引起肠管淋巴结的肿大，导致肠壁局部隆起，影响肠道正常的蠕动和排空，进而诱发肠套叠。研究表明，腺病毒、轮状病毒等感染可能与小儿肠套叠的发生存在一定关联。
遗传因素：虽然遗传因素导致小儿肠套叠的具体机制尚不十分明确，但有一定的家族聚集性倾向，提示遗传易感性在小儿肠套叠的发生中可能起到一定作用。
肠道蠕动异常：各种原因引起的肠道蠕动紊乱，如肠功能紊乱、肠痉挛等，都可能打乱正常的肠道蠕动节律，使得一段肠管套入相邻肠管内，引发肠套叠。例如，小儿腹部受到轻微刺激或处于饥饿、过饱等状态时，都可能导致肠道蠕动异常，增加肠套叠的发生风险。
其他因素：小儿的生活环境、情绪状态等也可能对肠道功能产生影响，从而间接增加肠套叠的发生几率。比如长期处于紧张、焦虑环境中的小儿，肠道功能可能受到一定影响，进而增加肠套叠的发病可能性。
