小儿疱疹性咽峡炎多由肠道病毒引起、具自限性，一般治疗需让患儿多休息、保证适宜环境与清淡易消化饮食、注意口腔卫生；对症治疗包括体温不超38.5℃物理降温、超38.5℃用合适退热药物及用生理盐水漱口等；抗病毒治疗无特效药物，一般靠自身免疫力；婴幼儿要密切观察病情变化，有基础疾病患儿需密切监测并调整基础疾病治疗方案。
对症治疗
发热处理：如果患儿体温不超过38.5℃，可采用物理降温，如用温毛巾擦拭患儿额头、颈部、腋窝、腹股沟等部位，通过水分蒸发带走热量来降温。若体温超过38.5℃，可根据病情选用合适的退热药物，如对乙酰氨基酚等（需遵循儿科用药原则，根据患儿年龄、体重等调整）。但要注意避免盲目退热，关注患儿整体状态，以提高舒适度为主。
缓解咽痛：可以使用生理盐水漱口，保持咽部清洁，减轻炎症刺激。对于因咽痛影响进食的患儿，可适当静脉补充营养物质，保证机体能量供应。
抗病毒治疗
目前对于肠道病毒感染引起的疱疹性咽峡炎，尚无特效的抗病毒药物。但如果是考虑合并有特殊病毒感染且有明确抗病毒治疗指征时，可在医生评估下谨慎使用抗病毒药物。一般情况下，主要依靠患儿自身的免疫力来清除病毒，通过上述一般治疗和对症治疗来缓解症状，等待疾病自愈。
特殊人群注意事项
婴幼儿：婴幼儿免疫系统尚未发育完善，病情变化相对较快，家长要密切观察患儿的精神状态、体温、进食情况等。若出现精神萎靡、持续高热不退、呼吸急促等情况，应及时就医。同时，在护理方面要更加精细，保持婴幼儿口腔清洁时动作要轻柔，避免损伤口腔黏膜。
有基础疾病的患儿：如患有先天性心脏病、哮喘等基础疾病的小儿，感染疱疹性咽峡炎后可能会加重基础疾病的病情。这类患儿需要更加密切的监测，除了关注疱疹性咽峡炎本身的症状外，还要注意基础疾病的相关表现，及时与医生沟通病情，调整基础疾病的治疗方案。
