滑膜囊肿引起原因较为复杂，主要包括关节退变与磨损（随年龄增长关节自然退变磨损，中老年人常见）、创伤因素（急性或慢性轻微创伤致滑膜受损积液形成囊肿，重体力劳动或剧烈运动人群风险高）、炎症影响（关节周围炎症性疾病如类风湿关节炎致滑膜炎症增生水肿形成囊肿，自身免疫介导炎症过程起关键作用）、感染因素（关节部位感染致滑膜炎症充血水肿分泌异常形成囊肿，免疫力低下者及不注意关节卫生防护人群风险高）
关节退变与磨损：随着年龄增长，关节会发生自然的退变与磨损，这是引发滑膜囊肿的常见因素之一。例如，在膝关节中，长期的行走、跑步等活动会导致膝关节软骨逐渐磨损，滑膜受到刺激后，可能会出现滑膜增生、积液，进而形成滑膜囊肿。对于中老年人来说，这种因关节退变导致的滑膜囊肿相对常见，年龄因素在此起到了重要作用，随着年龄增加，关节的自我修复能力下降，更容易出现滑膜结构的异常改变。
创伤因素：急性创伤或慢性反复的轻微创伤都可能引发滑膜囊肿。比如，关节部位受到外力撞击，导致滑膜组织受损，滑膜分泌和吸收功能失衡，出现积液积聚，从而形成囊肿。一些经常从事重体力劳动或有剧烈运动的人群，由于关节受到较多创伤性刺激，发生滑膜囊肿的风险相对较高。在生活方式方面，频繁的剧烈运动或不当的运动姿势都可能增加关节创伤的几率，进而诱发滑膜囊肿。
炎症影响：关节周围的炎症性疾病也可导致滑膜囊肿。例如类风湿关节炎，自身免疫反应攻击关节滑膜，引起滑膜的炎症反应，滑膜组织增生、水肿，导致滑膜囊分泌过多液体，形成囊肿。患有类风湿关节炎等自身免疫性疾病的患者，其滑膜囊肿的发生与自身免疫介导的炎症过程密切相关，病史因素在此起到关键作用，长期的炎症状态持续刺激滑膜，使得滑膜囊肿容易出现。
感染因素：关节部位的感染也可能引发滑膜囊肿。细菌等病原体感染滑膜后，会引起滑膜的炎症反应，导致滑膜组织充血、水肿，分泌功能异常，进而形成囊肿。这种情况相对较少见，但一旦发生，需要及时进行抗感染等治疗。特殊人群如免疫力低下者，由于更容易受到病原体的侵袭，发生感染性滑膜囊肿的风险相对较高，在生活方式上如果不注意关节的卫生防护等，也可能增加感染的几率，从而诱发滑膜囊肿。
