小儿疱疹性咽峡炎的治疗包括一般治疗，让患儿多休息、保证适宜温湿度和水分摄入等；对症治疗，包括发热时根据体温情况物理或药物降温、缓解咽痛的相应措施；抗病毒治疗，一般肠道病毒感染无特效抗病毒药，特定情况谨慎用且考虑小儿情况；预防继发细菌感染，出现迹象合理用抗生素且掌握指征；特殊人群中婴幼儿要密切观察，有基础疾病小儿需更密切监测和专业治疗并考虑相关影响
一、一般治疗
小儿疱疹性咽峡炎多由柯萨奇病毒等感染引起，一般治疗需注意让患儿多休息，保持室内适宜的温度和湿度，保证充足的水分摄入，利于机体代谢，促进病情恢复。对于年龄较小的患儿，要避免其剧烈哭闹，减少咽部的刺激。
二、对症治疗
1.发热处理：若患儿体温未超过38.5℃，可采用物理降温，如用温水擦拭额头、颈部、腋窝、腹股沟等部位，通过水分蒸发带走热量来降温。若体温超过38.5℃，可根据病情选用合适的退热药物，但需严格遵循儿科用药原则，优先选择安全性高的药物，且要考虑患儿年龄等因素。
2.缓解咽痛：可让患儿含服温水或淡盐水，以缓解咽部不适；对于因咽痛影响进食的患儿，可适当给予温凉的流质或半流质食物，避免进食过烫、辛辣等刺激性食物加重咽痛。
三、抗病毒治疗
目前对于疱疹性咽峡炎的抗病毒治疗，若为肠道病毒感染引起，一般无特效抗病毒药物，主要是进行支持对症治疗。但如果是明确有特定病毒且有针对性抗病毒药物的情况，需在医生评估后谨慎使用，要充分考虑小儿的年龄、肝肾功能等情况，避免滥用抗病毒药物。
四、预防继发细菌感染
一般情况下疱疹性咽峡炎是病毒感染为主，但要注意观察患儿病情变化，若出现继发细菌感染的迹象，如咽部脓苔、高热不退等，可在医生指导下合理使用抗生素，但需严格掌握用药指征，避免不必要的抗生素使用。
五、特殊人群注意事项
对于婴幼儿，由于其免疫系统尚未发育完善，病情变化相对较快，家长要密切观察患儿的精神状态、体温、进食等情况，一旦出现异常需及时就医。对于有基础疾病的小儿，如先天性心脏病、免疫缺陷病等，患疱疹性咽峡炎时病情可能更为复杂，需要更加密切的监测和专业的治疗，在治疗过程中要充分考虑基础疾病对治疗的影响以及治疗药物对基础疾病的潜在作用。
