疱疹性咽峡炎有典型症状和伴随症状，典型症状包括突发高热，体温可达39℃-40℃甚至更高，持续2-4天左右，以及口腔咽部出现散在灰白色疱疹后破溃形成浅溃疡；伴随症状有咽痛，大孩子可表述异物感等，幼儿烦躁哭闹，部分患儿有轻度咳嗽，还有全身乏力、精神差等表现，且不同情况患儿症状表现有差异，如特殊病史患儿症状可能更顽固或严重等。
一、典型症状
1.发热
多为突发的高热，体温可迅速升至39℃-40℃甚至更高，部分患儿可能会伴有寒战。对于不同年龄的患儿，发热表现可能有所差异，婴幼儿由于体温调节中枢发育不完善，发热时可能更易出现惊厥等情况。一般发热会持续2-4天左右，但也有个别情况发热时间稍长。
从生活方式角度看，若患儿近期有与疱疹性咽峡炎患者密切接触史，那么出现高热等症状时需高度警惕该病。有基础病史的患儿，如本身有免疫缺陷等疾病，发热可能更为顽固且容易反复。
2.咽部疱疹或溃疡
口腔咽部会出现散在的灰白色疱疹，直径1-2mm，周围绕以红晕，多见于扁桃体前柱，但也可位于软腭、扁桃体及悬雍垂上。之后疱疹破溃会形成浅溃疡，表面覆盖有淡黄色假膜，周围黏膜呈现鲜红色。
年龄较小的患儿可能因为咽部不适而出现拒食、流涎等表现，因为吞咽时会刺激到咽部溃疡部位，导致疼痛明显。对于有不良生活方式的儿童，比如经常挑食、缺乏维生素摄入等，可能会在一定程度上影响咽部黏膜的状态，增加患疱疹性咽峡炎时咽部症状的严重程度。
二、伴随症状
1.咽痛
患儿会感到咽部疼痛，大一点的孩子可能会表述咽部有异物感、刺痛感等。疼痛较为明显时会影响患儿的进食和说话，幼儿则表现为烦躁、哭闹不安。
对于有过敏病史的儿童，若在疱疹性咽峡炎发病时接触到某些过敏原，可能会加重咽部的不适症状，所以需要特别注意避免接触过敏原。
2.咳嗽
部分患儿会出现咳嗽症状，多为轻度咳嗽，可能是由于咽部疱疹及溃疡刺激咽部黏膜引起的反射性咳嗽。但如果咳嗽伴有咳痰、呼吸急促等表现，需警惕合并下呼吸道感染等情况。
生活在空气污染较严重环境中的儿童，患疱疹性咽峡炎时更容易出现咳嗽加重的情况，因为不良的空气环境会进一步刺激呼吸道黏膜。
3.乏力
患儿会感觉全身乏力，精神状态较差，活动量明显减少。这是因为机体在对抗病毒感染过程中消耗了较多能量，从而出现乏力表现。
有慢性疾病史的患儿，本身身体机能相对较弱，患疱疹性咽峡炎时乏力症状可能会更明显，需要更多的休息来促进身体恢复。
