胃肠功能紊乱有一定自愈可能，但受年龄、生活方式、病史等因素影响，轻度且诱因可除时可能自愈，中重度通常需干预，儿童、成人、老人因年龄不同自愈情况有别，饮食、作息、精神心理等生活方式及有无基础疾病也影响自愈，轻度胃肠功能紊乱去除诱因有自愈可能，中重度多需干预。
一、影响胃肠功能紊乱自愈的因素
1.年龄因素
儿童：儿童胃肠功能紊乱相对较常见，若为轻度的因饮食不规律（如短时间内进食过多零食）引起的胃肠功能紊乱，部分儿童通过调整饮食结构，如减少零食摄入、规律进食三餐，可能会自愈。但儿童胃肠功能发育尚不完善，若紊乱较严重或持续时间较长，自愈难度较大。例如，一些因腹部着凉导致胃肠功能紊乱的幼儿，若腹部保暖做好且饮食调整后，有自愈可能，但如果同时伴有发热、呕吐严重等情况则需及时就医。
成年人：成年人如果是短期因生活压力大、偶尔一次饮食不当（如吃了一顿辛辣刺激食物后出现轻度胃肠不适）导致的胃肠功能紊乱，通过调整作息、改善饮食（如避免继续食用刺激性食物、适当增加蔬菜水果摄入等），有较大可能自愈。但如果是长期存在不良生活方式（如长期熬夜、长期精神高度紧张且饮食极不规律）引起的胃肠功能紊乱，自愈的可能性则较低。
老年人：老年人胃肠功能本身逐渐衰退，胃肠功能紊乱若由轻度的饮食变化引起，部分可能通过调整饮食等方式自愈，但如果是合并有基础疾病（如糖尿病、高血压等）导致的胃肠功能紊乱，自愈较困难，且更容易出现病情反复。因为老年人基础疾病会影响胃肠的神经调节、血液供应等，使得胃肠自身调节功能更差。
2.生活方式因素
饮食方面：如果是因短时间内暴饮暴食引起的胃肠功能紊乱，在控制饮食量，改为少食多餐，进食易消化食物后，有自愈可能。但如果长期存在挑食、偏食，导致营养不均衡，进而引起胃肠功能紊乱，自愈较难。比如长期只吃精细食物，缺乏膳食纤维摄入，会影响胃肠蠕动，易造成胃肠功能紊乱，这种情况通过调整饮食结构，增加膳食纤维摄入后有可能自愈，但需要较长时间坚持。
作息方面：短期熬夜后出现的轻度胃肠功能紊乱，调整作息，保证充足睡眠后，胃肠功能有可能恢复。但长期熬夜，会打乱胃肠的生物钟，影响胃肠的正常蠕动、消化液分泌等，导致胃肠功能紊乱难以自愈。
精神心理因素：短期精神压力小幅度增加，出现轻度胃肠不适，在压力缓解后有可能自愈。但长期处于高压力、焦虑、抑郁等不良精神心理状态下，会通过神经-内分泌-免疫调节网络影响胃肠功能，使得胃肠功能紊乱难以自愈，因为精神心理因素会干扰胃肠的运动、分泌等功能。
3.病史因素
无基础疾病者：本身没有其他慢性疾病的人，出现轻度胃肠功能紊乱，如因环境改变短时间不适应引起的，通过自身调节有可能自愈。
有基础疾病者：如果本身患有如慢性胃炎、胃溃疡等胃肠疾病，在此基础上出现的胃肠功能紊乱，自愈可能性低，因为基础疾病会持续影响胃肠的正常结构和功能，需要针对基础疾病及胃肠功能紊乱进行综合干预。例如，本身有慢性胃炎的患者，因饮食刺激等出现胃肠功能紊乱加重的情况，仅靠自身调节很难让胃肠功能恢复到正常状态，往往需要药物等干预手段来缓解症状并改善胃肠功能。
一般来说，轻度的胃肠功能紊乱，在去除诱因（如调整饮食、改善作息、缓解精神压力等）后有一定自愈可能；但中重度的胃肠功能紊乱通常需要进行干预才能好转，如通过调整饮食结构、使用调节胃肠动力等药物（仅需说明药物名称，不涉及具体服用指导）等综合措施来改善胃肠功能。
