无痛肠胃镜通过麻醉让患者在睡眠状态下完成检查，虽能减轻痛苦，但也存在一定危害，主要有呼吸抑制、循环系统影响、过敏反应、认知功能障碍等方面。
1.呼吸抑制
麻醉药物可能会抑制呼吸中枢，导致呼吸频率减慢、呼吸幅度变浅，严重时甚至会出现呼吸暂停。尤其是本身存在呼吸系统疾病的患者，如慢性阻塞性肺疾病、哮喘等，发生呼吸抑制的风险更高。
2.循环系统影响
麻醉药物可使血管扩张、心肌抑制，导致血压下降、心率减慢。对于老年人、心血管疾病患者，可能诱发心肌缺血、心律失常等，增加心血管事件的发生几率。
3.过敏反应
部分患者可能对麻醉药物过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难、血压下降等过敏症状，严重过敏反应可能危及生命。
4.认知功能障碍
极少数患者在麻醉后可能出现短期的认知功能障碍，如记忆力减退、注意力不集中等，一般会在短时间内恢复，但也有个别患者恢复时间较长。
进行无痛肠胃镜麻醉前，患者要如实告知医生自己的病史、过敏史等，以便医生评估麻醉风险。麻醉后需在医院观察一段时间，待完全清醒、生命体征平稳后再离开。回家后要注意休息，避免剧烈运动和驾驶等危险行为。
